XPCLR-1

conda activate seletion
cd /
cd mnt/d/peng/fst/xpclr-1

基因分型：

for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29;
do plink --file B1 --output-missing-genotype 9 --chr-set 30 --chr Chr{i};
done
for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29;
do plink --file B2 --output-missing-genotype 9 --chr-set 30 --chr Chr{i};
done

去除tped文件前4列，生成xpclr分析的geno格式文件

for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29;
do cut -d " " -f 5- B1-{i}.hap;
done
for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29;
do cut -d " " -f 5- B2-{i}.hap;
done

生成SNP位置信息文件，共6列(转化成二元数据，文件中后缀为.bim的文件可以改成SNP位置信息)。

for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29;
do plink --file B1 --make-bed --chr-set 30 --chr Chr{i};
done
for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29;
do awk '{print 1"\t"4"\t"6}' B1-{i}.snp; done

XP-CLR分析：

for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29;
do ./XPCLR -xpclr B1-{i}.hap B1-{i}-XPCLR -w1 0.005 200 2000 1 -p0 0.95; done

替换回原始染色体名称,提取信息列并添加表头

awk '{print "Chr01\t"6}' B1B2chr1-XPCLR.xpclr.txt |
awk 'BEGIN{print "chr\tstart\txpclr"}{ if(NF==3){print $0}}' \

Chr01.out.xpclr.table