3.3.1 文件系统层次结构标准

和其它Linux分发版一样，Kali Linux也是按文件系统层次结构标准（FHS）也组织的，让其它Linux发行版的用户可以很容易上手Kali。FHS定义了每个目录的用途。最顶层的目录描述如下。

  • /bin/:基本的程序

  • /boot/:Kali Linux内核和其它用于其最先启动过程的文件

  • /dev/:设备文件

  • /etc/:配置文件

  • /home/:用户的个人文件

  •  /lib/:基本库

  •  /media/*:可移动设备（光驱，U盘等）的挂载点

  • /mnt/:临时挂载点

  •  /opt/:第三方提供的其它应用

  •  /root/:管理员（root）的个人文件

  • /run/:易变的运行时数据，系统重启后数据消失（不包含在FHS中）

  • /sbin/:系统程序

  • /srv/:本机上运行的服务所使用的数据

  • /tmp/:临时文件（该目录在启动时通常为空）

  • /usr/:应用程序（该目录下按照根目录一样的逻辑结构又分别有bin，sbin，lib），而且，/usr/share/包含有数据与是独立于体系结构的。/usr/local/目录是被管理员用来手动安装应用程序的，其目的是不覆盖由软件包管理系统（dpkg）所处理的文件。

  •  /var/:由守护进程处理的变化数据。包括日志文件，队列，各种池和缓存。

  • /proc/和/sys/目录是专门用于Linux内核的（不是FHS的一部分）。通常被内核用于把数据导出到用户空间。

3.3.2 用户主目录

用户主目录的内容不是标准的，但仍然有一些值得注意的约定。其一是用户的主目录通常由~表示。知道这点非常有用，因为命令解释器会自动用正确的目录来替换这个符号（正确的目录存储在HOME环境变量中，其值通常为/home/用户名/）。

传统上讲，应用程序的配置文件一般存储在你个人的主目录下，但文件名通常是以一个.开头（例如，mutt电子邮件客户端把其配置存储在~/.muttrc文件中）。注意，以点开头的文件名默认情况下是隐藏的（注：类似于Windows系统下的隐藏文件）；ls命令只有加上参数-a后才能列也这些文件，图形界面的文件管理器需要明确配置才能显示这些隐藏文件。

一些程序也会在一个目录下使用多个配置文件（比如，~/.ssh/）。一些应用（如Firefox浏览器）也会使用它们的目录来缓存一些下载数据。这就意味着这些目录最终会消耗很多磁盘空间。

这些配置文件（通常统称为点文件）直接存储在你的主目录，而且一直在增加，最终会导致这些目录非常混乱。幸运的是，在FreeDesktop.org保护伞的共同努力下，形成了XDG基准目录规范，这是一种旨在清理这些文件和目录的约定。该规范规定配置文件应存储在~/.config下，缓存文件存储在~/.cache下，应用程序数据文件存储在~/.local（或其子目录）下。这一惯例正在慢慢地得到推动。

图形桌面通常有一个显示~/Desktop/目录内容的快捷方式（或者其它非英语系统相对应的目录）。

最后，电子邮件系统有时将收到的电子邮件存储到~/Mail/目录中。