学习——pindel,delly,GATK安装

（一）pindel安装

1)安装htslib:git clonehttps://github.com/samtools/htslib

https://github.com/genome/pindel

主要参考github上的安装教程

（二）delly安装

git clone --recursive https://github.com/dellytools/delly.git

cd delly/

make all

（三）GATK安装

1）到GATK的官网上注册及下载安装包

2）安装最新的jdk

下载jdk:http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html

解压到自己的文件夹中：tar zxvf jdk-8u91-linux-x64.tar.gz

切换到自己的根目录下，用cd ~

编辑 gedit .bashrc

在文本最后输入下面三行：

JAVA_HOME=/home/lsw/java/jdk1.8.0_91

export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JVA_HOME/lib/tools.jar

保存文件

source.bashrc，就可以使用了。

检查安装情况：java -version

tips：若此时java version显示的时openjdk或不是当前安装的jdk版本时须做如下操作：

①由于Ubuntu中可能会有默认的jdk，如openjdk。假如有openjdk的话，所以，为了使默认使用的是我们安装的jdk，还要进行如下工作（可以使用该命令安装其他命令，例如eclipse）。

执行代码:

sudo update-alternatives --install /usr/bin/java java  /opt/jdk1.7.0_25/bin/java 300

sudo update-alternatives --install /usr/bin/javac javac  /opt/jdk1.7.0_25/bin/javac 300

通过这一步将我们安装的jdk加入java选择单。

②然后执行代码:

sudo update-alternatives --config java

sudo update-alternatives --config javac

3）将下载的GATK的*.tar.bz2的文档在linux下解压，用tar jxvfGenomeAnalysisTK-3.7.tar.bz2

会在当前路径下产生一个GenomeAnalysisTK.jar 和resources的文件夹。

测试方法，在resources文件夹下，利用example数据来测试，输入下面的命令来，count reads

java -jar /home/lsw/xijiaoda/GATK/GenomeAnalysisTK.jar -T CountReads -R exampleFASTA.fasta -I exampleBAM.bam

（注：-T：使用的工具的名称；-R：参考序列文件；-I：输入文件）

或 java -jar --help 查看结果，若能出现GATK的help文档，则表示安装成功。