openslide处理大图
openslide官网http://openslide.org/api/python/
可以下载使用，并安装
安装方法：
sudo apt-get install openslide-tools
sudo apt-get install python-openslide下面贴一个自己利用openslide读取的大图，并进行下采样显示：
# -*- coding: utf-8 -*-
#coding:utf-8
import openslide
import numpy
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import scipy.misc
import time
start=time.time()
source=openslide.open_slide("/home/ccf/CCF/Colorecal-cancer_FCN/data/svs/2017-01-15-02-55-11.ndpi")
#filelist=os.listdir(source)#该文件夹下所有的文件（包括文件夹）
downsamples=source.level_downsamples
[w,h]=source.level_dimensions[0]
size1=int(w*(downsamples[0]/downsamples[2]))
size2=int(h*(downsamples[0]/downsamples[2]))
region=numpy.array(source.read_region((0,0),2,(size1,size2)))
scipy.misc.imsave("/home/ccf/CCF/Colorecal-cancer_FCN/data/save/2017-01-15-02-55-11_2.tif" ,region)
end=time.time()
print(end-start)
#plt.figure()
#plt.imshow(region)
#plt.show()
#print (region)
大家看看就好，可以借鉴一下，写的不好
下面解释一些openslide的里面的一下参数，并说明用法
（1）、opensilde.OpenSlide(filename)——读取图像
source=openslide.open_slide("/home/ccf/CCF/Colorecal-cancer_FCN/data/svs/2017-01-15-02-55-11.ndpi")（2）、close()——关闭图像
slide.close() level_count——幻灯片中的级别数。级别从0（最高分辨率）到level_count - 1（最低分辨率）编号。这里没理解slide级别数是什么意思，代码返回为10,可能应该是slide的层数，比如40倍，20倍，10倍等有多少层
level_count = slide.level_count
print 'level_count = ',level_count 上述代码得到 level_count = 10
（3）、dimensions （width， height）在0级别下，也就是最高分辨率的情况下slide的宽和高（元组）
[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的（宽，高）
print (m,n) （4）、level_dimensions[k] 得到（width， height）元组，k下级别k，是指在k水平下的下面举例就知道k的意思，每张全扫描最高级别是0，也就是最高分辨率，这个分辨率在不同的全扫描图片中是不一样的，有的第0层是40倍，第二层是10倍，而有的第0层是20倍，第二层是10倍，k指对应的层数
[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #级别k，且k必须是整数，下采样因子和k有关
print (m1,n1) # m1 = m/下采样因子 此时k为1 （5）、level_downsamples 每一个级别K的对应的下采样因子，下采样因子应该对应一个倍率
slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]
print slide_level_downsamples （6）、get_best_level_for_sownsample(downsample) 对给定的下采样因子返回一个下采样级别，downsamples必须是浮点数
slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)
print slide_downsamples （7）、read_region(location, level, size) 返回一个RGBA图像，包含指定区域的内容。location指0级别下左上角位置的坐标，元组，level指级别，整数，size是（width， height）是元组，
tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (size1,size2)))