大连旅顺相继失守后，日军将侵略势力渗透到整个辽东半岛，辽东清军除了败逃还是败逃，中国军队的大溃败掀起了清政府内部的斗争高潮。
以光绪帝为首的主战派狠下心来要严惩李鸿章，给予李鸿章革职留用处分。
这一次主和派的幕后黑手慈禧太后无法再稳坐钓鱼台了，因为李鸿章的速败求和政策就是在她的默许和支持下执行的，她也刚刚过完她的六十大寿，日军进攻大连旅顺的枪炮声成了她最好的贺礼，将她重新从锣鼓升平的太平盛世拉回到枪炮隆隆的战争环境，她再也无心对日作战，与李鸿章密谋对日乞和。
既然求和是她的主意，主战派惩罚李鸿章就等于是打自己的耳光，慈禧太后发飙了。
她严厉批评了主战派大臣，处死了光绪帝的亲信太监。因为光绪最宠爱的珍妃没少向光绪帝吹枕边风，要他坚决抵抗日寇，因此招致慈禧的愤恨，她以干预朝政之罪将珍妃降为贵人，并处以去衣廷杖四十的酷刑。
所谓去衣廷杖四十就是将珍妃脱掉裤子重打四十大板，这不仅是残酷的皮肉之苦，更是难堪的精神之辱，用这种方式羞辱妇女在中国封建社会很常见，宋元明三代都有女子犯奸罪需去衣受杖的规定，叫做以其不知耻而耻之，但用如此具有羞辱性的酷刑对待皇上宠妃的，恐怕整个中国古代史上也不多见。
俗话说虎毒不食子，母亲对自己亲骨肉和儿媳下如此狠的手恐怕只有在朝廷权利斗争中才会发生，权利是个可怕的东西，自古为权利而泯灭亲情的例子数不胜数。
【乞和】
慈禧太后出手后，朝中再也没有人敢主战了，李鸿章求和的阻力被打破，李鸿章又开始在心里盘算起中日战事了。他知道如果再打下去的话，自己的老本就要打光了，自己没有了实力那就万劫不复了，因此他要在军事上还未被日军完全打垮的情况下向日本乞和迅速结束战争。
于是他派人去日本探口风，说白了就是问中国出多少银子地盘和国家主权日本才能撤兵。此时伊藤博文还没有和谈的意思，一是日本军事上的胜利在李鸿章的帮助下来得太过容易，二是他知道想获得最多的权利就要将清政府彻底打败，逼其签订城下之盟。他决定继续扩大军事上的胜利，因此对李鸿章的求和采取敷衍和不理的态度。
日本大本营制定了进攻中国心脏平津的作战目标，逼清政府彻底屈服，到时候想要什么清政府就得给什么。
可是知道日军的作战计划后，一直保持镇定的西方列强坐不住了，纷纷向其晓以利害。
进攻平津将直接动摇清政府的统治，有引发中国革命的危险。到时候清政府垮台了，日本之前所做出的一切努力可就都打了水漂了。
西方列强一语惊醒梦中人，使日本当权者被热血冲昏的头脑又重新冷静下来。日本大本营放弃了威胁平津的打算。但为了加大和谈筹码，又想到冬季不利于陆军作战，日军将下一步军事计划制定为进攻北洋水师基地威海卫。
【北洋水师的覆灭】
北洋水师在李鸿章的命令下龟缩在威海卫养尊处优，当日本海陆军联合逼近威海卫时，李鸿章命令北洋舰队不许出海迎战，丁汝昌也没有出海迎战的打算，他企图依托山东半岛死守威海卫的北洋舰队老巢刘公岛。
如果山东半岛的陆军给力，能够保卫山东半岛不被日军侵占的话，依山傍水死守威海卫军港是可行的，但是山东半岛上的清守军和其它地区清军如一丘之貉，都是酒囊饭袋，北洋舰队把希望寄托在他们身上那等于是自掘坟墓。
威海卫沿海清政府也建设了炮台，拥有大炮160门，防御力量比旅顺还要强。
日本大本营知道从正面进攻威海卫难度很大，于是决定采取迂回包抄的办法，先断北洋水师陆地上的归路。
1895年一月，日陆军在军舰的掩护下从山东荣成一带登陆成功，荣成守军是三流部队，战斗力很弱，难以与日军抗衡，被迫撤退。
日军沿陆路顺利向威海卫推进，最终到达威海卫炮台阵地，守卫炮台的清军对日本侵略者进行了顽强的抵抗，终因实力悬殊而战败，炮台相继失守，威海卫市也被日军攻陷，北洋水师的陆路退路被切断。
日军将炮台上的大炮对准北洋舰队猛轰，北洋水师的基地完全暴露在日军炮火下。
此时此刻，所有人都认识到北洋水师到了生死存亡的最后关头，李鸿章也一反常态的命令北洋舰队突围出海，找机会南逃。
可是此时才想起出海似乎已经太迟了。见陆军胜利推进，日本舰队主力也从海上向北洋水师老巢包抄而来，北洋水师彻底被日本海陆两军包了饺子。此时想全建制突围难如登天。北洋水师中的洋人顾问和惜命的军官士兵纷纷散布投降言论。
丁汝昌已经回天乏术了，可他不忍军舰落入敌手，准备先炸毁军舰然后投降，可这一意见遭到了广大官兵的反对，他们认为如果空手投降可能会激怒日军而遭到血腥屠杀，日军的德行他们也是有所耳闻的，优待俘虏这一政策与凶残的日军是搭不上边的。投降就是为了活命，他们不肯执行丁汝昌的炸舰命令。
丁汝昌知道自己已经成了孤家寡人了，自己的命令不再有人肯听，军舰保又保不住，逃又逃不掉，多年的心血毁于一旦令人心痛，世上恐怕没有比这更令人痛苦的了，丁汝昌在绝望中服药自杀。
群龙无首的北洋舰队再也没有了斗志，集体向日军投降，军舰和物资饷银尽落敌手，北洋水师全军覆没。
【马关条约】
北洋水师的全军覆没后，日军以形成辽东半岛和山东半岛两面夹击北京的态势，这极大的震惊了清廷和慈禧太后，她命令李鸿章企求列强出面干涉，英美等国很愿意当这个中间人，它们也不希望日军的作战威胁到清政府统治和自己的在华利益，于是纷纷出面调停，日本也认识到战争已经打到火候了，于是接受了列强的“友谊调停”，同意和谈。
伊藤博文还点名要李鸿章来日本谈判，因为他们是老对手老朋友了，以前没少在李鸿章身上尝到甜头，李鸿章的卖国能力值得信赖。
1895年3月，李鸿章来到了日本指定的谈判地点马关，与伊藤博文进行了议和的谈判。与其说是议和，不如说是乞和，因为刀把子握在日本人手中，清政府成了菜板上的一块肉，只能任人宰割，对于伊藤博文提出的条件，李鸿章只敢做些数量上的争辩，不敢做出出格之举。
此时日本国内各阶层都为中日战争日本的胜利而狂热起来，一些不懂政治的狂热之徒开始叫嚣攻打北京灭亡清政府。对中日此时就和谈持反对意见，极端狂热分子在李鸿章回旅馆途中将其刺伤。
这是日本政府自己种下的恶果，要不是战前尽心狂热的军国主义宣传，将侵略中国说成是国运之战，民族命运之战，日本国民又怎会如此的极端和疯狂。
日本政府对在此节骨眼上出麻烦感到十分意外和头痛，为使和谈能够继续顺利进行，将已经到嘴边的肉吃下去，伊藤博文带着日本天皇的御医和日本皇后的护士亲自赶来慰问，对国内外局势了解的有识之士也纷纷向李鸿章送礼品表示慰问。总之是希望李鸿章好好养伤，不要以此为借口打起别的主意。
此时的李鸿章就像是来日本谈生意的大客户，马上就要签合同大把钞票入账了却发生了意外，煮熟的鸭子又要飞了，日本政府岂能不着急。
别看日本打了胜仗，可了解局势的人都知道日本的尴尬处境。日本政府此时最怕的就是清政府呼吁列强出面调停。现在虽然攻打北京如探囊取物，但是这只能作为与清政府谈判的筹码，为的是威胁清政府就范，日本是万万不敢真打的，这会引起中国革命和列强干涉。
此时列强们是很愿意帮助清政府出头的，出头后将清政府准备给日本的好处分成多份大家一起分享，列强们是不会拒绝的，从辽东半岛问题上俄德法三国一起威胁日本这件事上就可以看出，列强对日本的容忍是有限度的。
因此日本担心李鸿章遇刺会惹出大麻烦，甚至马关条约有被勾销的危险，这才一面慰问李鸿章一面抓紧与清政府缔结和约。
清政府又何尝没想过利用此事件请列强出面干涉，将日本企图从中国得到的好处大半勾销，但是清政府不敢拿自己的江山开玩笑，日军不敢进攻北京这个赌清政府是绝对不敢打的。清政府的意思也是让李鸿章趁着日本政府理亏抓紧讨价还价，迅速签约以促日本撤军，南北两方面日军像两把尖刀一样逼在自己两肋上它也吃不消。
中日两国各有苦衷和顾虑，就像拿枪互指的两个人，谁也不敢越雷池一步。
在这样的情况下，双方迅速达成一致，签订了丧权辱国的中日《马关条约》。
主要内容大家都很熟悉了：1、中国割让台湾岛、澎湖列岛、辽东半岛给日本。2、赔偿日本军费2亿两白银。3、开放沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸。4、允许日本在通商口岸开设工厂。5、承认朝鲜独立。
俄国窥伺中国东北已久，因此断难同意日本割占辽东半岛，它认为日本这是在用它的个性挑战自己的脾气，于是纠集法国和德国对日本进行威胁，要求其放弃辽东半岛，日本无力抵抗三国的联合声讨，让清政府拿3000万两白银赎回了辽东半岛。这一事件使日本恨透了俄国，日本政府暗暗下了狠心，你给我等着，不用你现在闹得欢，将来给你拉清单，这为之后的日俄战争埋下了伏笔。
台湾割让日本后，得到消息的台湾人民群情激愤。誓死不当亡国奴的台湾民众自发组织起义军抵抗日本侵略者，用鲜血表达了自己的爱国之情。
之前在辽东地区也出现了民众自动组织的义军。但是由于清政府对人民军队的惧怕，对义军采取漠视甚至是打击的态度，因此中国内地的义军虽然也对日本侵略者进行了抵抗，但大多没成气候。
但台湾义军可就不同了，台湾义军参加人数之多，战斗波及范围之广，给日军打击之沉重，写下了中国人民抵抗日本侵略者的光辉一幕。台湾人民与日本侵略者进行了近半年的浴血奋战，日军死伤高达32000人，占了侵台军队的一半以上，不可不称之为一次抗日壮举。
这也证明了一个道理，晚清时候中国腐败的是清政府，中国人民是英勇顽强不畏强暴的，是殖民者侵略者们永远不可能征服和战胜的。