生信媛公众号文章目录

这资源实在太赞，情不自禁想要分享与大家一同学习。我是一个不喜欢用手机看公众号文章的人，但与每一个生信入门者一样急切的需要干货资源得以入门进阶，这就是一个学习的宝库。说句实话，如果在几个月前我能看到这些资源，恐怕自己早已摆脱各种懵懂无知的状态，没有停留困陷于于迷茫搜寻各种资料学习浪费时间和精力。庆幸地是已经看到了这样宝贵的开源资料，而且以极为可视易读的形式呈现出来。生信技能树这样的公众号也已经在逐步摆脱论坛缺乏有效的组织和管理的状态（之前的生信菜鸟团博客和生信技能树论坛我都缺乏浏览的兴趣，层级和知识体系感觉不清晰）。虽然已经刚刚起步，但我已经不再那么迷茫。希望有兴趣或者有需求的人更多的参与进来，帮助自己，也帮助以后更多的人。

新生信技能树论坛地址：https://vip.biotrainee.com/

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生信媛公众号文章目录

公众号缘起

• 《从入门到走火入魔，一个做湿实验的生物汪自学生物信息嬗变为生信媛的故事》 by 生物女博士
• 《所有人问生信媛》 by 所有人问

课程系列

BIOSTAR课程

• 《【课程预告】手把手教你入门生信——The Biostar Handbook》 by 生物女博士
• 《课程1、2-Linux中生信分析常用命令入门》 by István Albert
• 《课程3、4-NCBI的Entrez Direct和SRA toolkit的安装及使用》 by István Albert
• 《课程5、6-编写可重复使用的脚本》 by István Albert
• 《课程7、8-二代测序质控：fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk》 by István Albert
• 《课程9、10-测序文件的质控&在线序列比对》 by István Albert
• 《课程11、12-下载序列，建blast数据库以及本地blast》 by István Albert
• 《课程13、14-常用的mapping软件bwa & sam格式简介》 by István Albert
• 《课程15、16-samtools简介&利用readseq对GenBank文件格式转换》 by István Albert
• 《课程17、18-awk进行简单的编程&序列比对软件bwa和bowtie2》 by István Albert
• 《课程19、20-利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling》 by István Albert
• 《课程21、22-使用samtools和FreeBayes进行变异的calling并用snpEff注释》 by István Albert
• 《课程23、24-SNP calling》 by István Albert
• 《课程25、26-bedtools的安装和使用》 by István Albert
• 《课程27、28-RNAseq分析》 by István Albert
• 《课程29、30（大结局）-差异表达分析以及用ErmineJ做GO》 by István Albert

基因组分析·CIRCOS作图基础

• 《预告：基因组分析》 by 三土
• 《基因组分析·Circos作图基础（一）》 by 三土
• 《基因组分析：Circos作图基础（二）》 by 三土
• 《基因组分析：Circos作图基础（三）》 by 三土
• 《基因组分析：共线性作图》 by 三土

我的LINUX学习笔记

• 《我的Linux学习笔记·序》 by 阿现
• 《我的Linux学习笔记·Linux操作系统基础》 by 阿现
• 《我的Linux学习笔记·Bash特性和文件名通配》 by 阿现
• 《我的Linux学习笔记·文件权限》 by 阿现
• 《我的Linux学习笔记·用户和组（1）》 by 阿现
• 《我的Linux学习笔记·用户和组（2）》 by 阿现
• 《Linux修改目录颜色》 by 阿现
• 《eval--一层一层剥开我的心》 by 阿现

小白生信学习记

• 《小白生信学习记1： 转录组基本知识及简单的linux命令入门》 by 生物女博士
• 《小白生信学习记2：服务器及其使用介绍》 by 生物女博士
• 《小白生信学习记3：转录组分析流程》 by 生物女博士
• 《小白生信学习记4：Linux系统下，RNAseq分析软件的安装》 by 生物女博士
• 《小白生信学习记5：HTseq的安装》 by 生物女博士

Linux

• 《Linux shell trick for bioinformatics 系列文章之一》
• 《linux shell tricks for bioinformatics系列文章之二》 by 天地本无心
• 《linux shell tricks for bioinformatics系列文章之三： 内附部分sRNAs分析pipeline》 by 天地本无心
• 《我谨慎地使用了rm -fr，为什么还是导致了灾难？》 by 天地本无心
• 《find和xargs连用虽好，但用起来要小心哦～》 by 天地本无心
• 《生信分析中基本Linux命令的使用》 by 徐洲更
• 《欲用神器，必练内功》 by 徐洲更
• 《生信数据预处理的Linux三大神器》 by 徐洲更
• 《写了100多个shell脚本的老司机的翻车之旅》 by 徐洲更

Python

• 《生信媛全家福》 by 生物女博士
• 《用Rodeo----python里面的rstudio，打造数据分析和可视化的利器》 by 天地本无心
• 《用python制作抽奖券，附全部代码》 by 天地本无心
• 《用python爬取一个网站的所有生物信息学习资料，附代码》 by 天地本无心
• 《来一张微信好友头像全家福吧》 by 徐洲更
• 《用Python做爬虫：基础知识篇》 by 徐洲更
• 《Python如何解析fasta格式，并储存为字典？》 by 徐洲更
• 《如何“开始”学Python》 by 徐洲更
• 《利用Python进行数据分析笔记（一）》 by 徐洲更
• 《像学R一样学Python数据分析》 by 徐洲更
• 《像学R一样学Python（高级数据管理)》 by 徐洲更
• 《Python数据分析之分组运算》 by 徐洲更
• 《祝我生日快乐》 by 徐洲更
• 《听说你想学Python》 by 徐洲更
• 《pandas包里面的一个bug》 by 天地本无心

R

• 《R语言的数据管理》 by 徐洲更
• 《Bioconductor序列数据介绍》 by Sonali ,Martin
• 《如何使用R的apply》 by 徐洲更
• 《如何用bioconductor进行注释》 by 徐洲更
• 《Y叔的新玩意--yyplot》 by 徐洲更
• 《你还在用韦恩图可视化集合么？》 by 徐洲更
• 《深入学习ggtree: read.tree()是如何解析newick数据格式》 by 徐洲更
• 《R：关系型数据库管理》 by 徐洲更
• 《编程语言 | R代码风格》 by 徐洲更
• 《我的R包：zgtools使用指北》 by 徐洲更

Perl

• 《perl模块异常symbol lookup error的解决方式》 by 赵运通

算法

• 《算法导论 | 循环不变式与插入排序》 by 徐洲更

JavaScript

• 《编程语言 | JavaScript 学习（一）》 by 徐洲更

高通量数据分析

转录组分析

• 《绕过root权限，如何使用GFOLD进行差异表达分析一：GFOLD的安装》 by 生物女博士
• 《差异基因表达分析(上)》 by 徐洲更
• 《基因表达分析（中）-富集分析》 by 徐洲更
• 《基因表达分析（前传）-准备count矩阵》 by 徐洲更
• 《是时候来一波RNA-Seq差异表达分析实操了》 by 徐洲更
• 《新司机带你学RNA-Seq数据分析》 by 徐春晖
• 《（伪）从零开始学转录组：软件安装》 by 徐洲更
• 《（伪）从零开始学转录组：读文章拿到测序数据》 by 徐洲更
• 《转录组入门(3)：了解fastq测序数据》 by 徐洲更
• 《我的转录组学习小书》 by 徐洲更
• 《（伪）从零开始学转录组（5） 序列比对》 by 徐洲更
• 《（伪）从零开始学转录组：了解参考基因组及基因注释》 by 徐洲更
• 《转录组入门(6)： reads计数》 by 徐洲更
• 《（伪）从零开始学转录组（7）：差异基因表达分析》 by 徐洲更
• 《(伪）从零开始学转录组（8）：富集分析》 by 徐洲更
• 《水稻如何做KEGG富集分析》 by 徐洲更
• 《RNA-Seq选择参考基因组》 by 刘小健
• 《要来杯RNA鸡尾酒吗？》 by 徐洲更
• 《Read Counts的提取—高通量测序数据处理学习记录（二）》 by 徐春晖
• 《比对软件STAR的使用—高通量测序数据处理学习记录（一）》 by 徐春晖

单细胞测序数据分析

• 《单细胞测序数据分析：软件安装篇》 by 徐洲更

GATK

• 《快速入门GATK》 by 徐洲更
• 《GATK之BaseRecalibrator》 by 徐洲更
• 《GATK之HaplotypeCaller》 by 徐洲更
• 《GATK之FastaStats和CountReads》 by 徐洲更
• 《GATK之SelectHeaders和RandomlySplitVariants》 by 徐洲更
• 《落入窠(ke)臼(jiu)：GATK best practice每个步骤都是必须的吗？》 by 洲更与阿尔的太阳

CHIP-SEQ

• 《一文学会ChIP-Seq数据分析（想想也不可能）》 by 徐洲更

高通量数据分析·其他

• 《生信软件的好帮手-bioconda》 by 徐洲更
• 《ANNOVAR的使用》 by 徐春晖
• 《关于序列联配的清单》 by 徐洲更
• 《世上没有白走的路，每一步都算数》 by 徐洲更
• 《什么，你嫌bioconda下载速度太慢？》 by 徐洲更
• 《生信蓝领，一个不舍得分享的高通量数据分析框架》 by 徐洲更

生信·其他

• 《系统进化树构建的简单实践》 by 徐洲更
• 《你知道什么叫做BLAST吗》 by 徐洲更
• 《课题做不下去怎么办（植物篇）？》 by 徐洲更
• 《从NCBI下载测序数据 | 也许是目前最详细的版本》 by 生物女博士

统计

• 《由两类错误所带来思考》 by 徐洲更
• 《我是如何做生物统计作业的》 by 徐洲更
• 《方差分析》 by 徐洲更
• 《我是如何做生统作业的-2014试题》 by 徐洲更
• 《我是如何做生统作业的-2015年试题》 by 徐洲更
• 《我是如何做生统作业的-答案修正版》 by 徐洲更

遗传

• 《小明的GWAS情劫》 by 呵呵哒1974
• 《我就是Super Star——基因定位之BSA》 by 李广伟

严肃活泼

• 《我开发了一个不完善的功能》 by 徐洲更
• 《基因查找者v1.5》 by 徐洲更
• 《有了它，再也不怕斗图了》 by 徐洲更
• 《和我一起搭建个人博客吧（一）》 by 徐洲更
• 《和我一起搭建个人博客吧（二）》
• 《3步搭建个人博客》 by 徐洲更
• 《利用Docker搭建Galaxy》 by 徐洲更
• 《我想买一台Mac》 by 徐洲更
• 《如何用好MacOS(一)》 by 徐洲更
• 《七夕快到了，我们做题目吧》 by 徐洲更
• 《友军生信技能树居然要进军婚恋市场》 by 徐洲更
• 《基因能告诉我什么》 by 徐洲更

围炉杂谈

• 《生信人修炼手册》 by 徐洲更
• 《我的一些胡思乱想》 by 徐洲更
• 《D2多巴胺受体和王者荣耀》 by 徐洲更
• 《如何成为一名合格的司机》 by 徐洲更
• 《速度是70迈，心情是自由自在》 by 徐洲更
• 《科学网：如何姿势正确的抄袭他人代码？》 by 徐洲更