#分子模拟# 同源建模从入门到精通（五）

modeller的Tutorial一共五个例子，之前我们已经分享了二个，今天分享第三个，最后两个例子个人认为不常用，所以并没有仔细研究，若后期用到会补上，当然小伙伴们同样可以自行查看。
modeller完整教程：https://salilab.org/modeller/tutorial/

迭代建模

对于许多相似度低，约30%的模型可以进行迭代建模来提高模型的质量，下面的例子我们已知``4dfr`的晶体结构，来求HVDFR的结构模型，首先我们进行已知模型与比对模型之间的比对。

from modeller import *

env = environ()
mdl = model(env, file='4dfr.pdb', model_segment=('FIRST:B', 'LAST:B'))
aln = alignment(env)
aln.append_model(mdl, align_codes='4dfr')
aln.append(file='hvdfr.seq', align_codes='hvdfr')
aln.align2d()
aln.write(file='hvdfr-4dfr.ali')
aln.write(file='hvdfr-4dfr.pap', alignment_format='PAP',
          alignment_features='INDICES HELIX BETA')

其中alignment_features将会输出二级结构的信息在比对文件中。
得出的结果如下：
使用PIR比对文件hvdfr-4dfr.ali,初始模型将会被构建（又可以称为低精度文件被构建）

from modeller import *
from modeller.automodel import *

env = environ()
a = automodel(env, alnfile='hvdfr-4dfr.ali',
              knowns='4dfr', sequence='hvdfr')
a.starting_model = 1
a.ending_model = 1
a.make()

当然粗建模的效果并不佳：

Paste_Image.png

可以发现氨基酸残基区域85周围以及C端末尾有两个峰值，
首先我们观察85周围的峰值，可以发现其α螺旋出现了断裂，这是不合理的。同时需要将末尾的螺旋结构移除（个人认为教程上值的是85所在螺旋末端）
第二个不合理的区域被认为是C段区域，并不是十分清晰，所以删除末尾的β折叠指示符。

优化后的结果如下：

Paste_Image.png

同源建模系列教程：
#分子模拟#同源建模从入门到精通（一）
#分子模拟#同源建模从入门到精通 (二)
#分子模拟#同源建模从入门到精通（三）
#分子模拟#同源建模从入门到精通（四）
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