太尉府留守诸葛长民向来骄纵贪侈，行多不法，百姓深以为患。及刘毅被诛，长民常惧太尉刘裕惩之，尝对其弟辅国大将军诸葛黎民道：“昔年醢（hǎi将人剁成肉酱）彭越，今年杀韩信。祸其至矣" 。
诸葛黎民劝说长民道："英布、韩信本无心谋反，为势所逼，不得不反。刘氏之亡，亦诸葛氏之戒也，宜因刘裕未还而图之。"长民犹豫未发，惧自己势单力薄，因遗书于冀州刺史刘敬宣道："盘龙狠戾专权，自取灭亡。然汉高异姓，诛除略尽，势所当然。君专镇一方，终难逃此，富贵之事，相与共之，君其有意乎？"
刘敬宣接信后，回书道："下官自义熙以来，忝任三州、七郡，今此杖节，常惧福过祸生，实思避盈居损。富贵之旨，非所敢当。”密遣使至江陵呈上诸葛长民书信，刘裕对辅国将军王诞道：“阿寿（刘敬宣小字）故为不负我也。”
王诞因此禀告刘裕先行东返，侦伺诸葛长民动静，刘裕有些担心道："长民似有自疑心，万一生变，卿岂宜便去！"
王诞镇定自若道："长民知我蒙公垂青，今轻身单下，必当以为无虞，乃可以少安其意耳。"刘裕笑道："卿勇过贲、育矣。（指孟贲，夏育。二人皆为秦武王时勇士。）"乃任其先还。
诸葛长民接刘敬宣书信后，览毕叹道："贫贱常思富贵，富贵必履危机。今日欲为丹徒布衣。岂可得邪！"
长民知刘裕若得己书，必死无疑，心下惴惴，乃前去拜访刘穆之，屏退左右，问道："京师悠悠之言，皆云太尉于我意甚不平，太尉一向倚君为腹心，君可知何以至此？"
刘穆之安慰他道："刘公溯流远征，以老母稚子一委阁下。若有相疑，岂能如此！"
诸葛长民觉得有理，意乃小安，遂微笑而去。
刘穆之见长民有此一问，忧其为变，密与太尉行参军何承天相商道："刘公西行已历数月，能否一鼓荡平，永绝后患？"何承天道："荆州不忧不平，别有一虑耳。公昔年自左里还师京城，轻而无备，尝有孙伯符（孙策，狩猎时死于刺客之手）之祸，今若回军，宜加慎重”。刘穆之叹道："非君，不闻此言。"遂给刘裕去信，将诸葛长民所言所行一一禀告，并建议其秘密回京。
义熙九年（公元413年）春，二月十五日，太尉刘裕自江陵东还，先遣辎重兼行而下，大江之上，船队首尾相接，络绎不绝。
此前王诞已回建康，告知建康太尉府留守诸葛长民，太尉定于某日某刻回京。诸葛长民与一众公卿便于此日守候于新亭，谁知站立一日，累得腰酸腿疼，望眼欲穿，也不见刘裕船队到来，忽有斥候打马而来，传太尉令，说于路耽搁，不能按期而至，望众大人海涵，又道三日后必达。
诸葛长民与众臣也不敢抱怨，三日后再来此处恭候，又是白白等候一日，刘裕又差其期。如是者三，众人苦不堪言。
三十日傍晚，刘裕轻舟径进，潜入东府。
三月初一早晨，长民又欲往新亭前去迎候，其弟诸葛黎民闯入府中，告知刘裕已还，正在东府与众臣公干，诸葛长民正在食早，突闻此事，惊得箸落于地，黎民道：“刘公不告而归，疑君甚矣，当伏甲士于府，以防不测。”
诸葛长民摇摇头道：“刘裕未归之时，尚不敢发，今其已归，再如此，自寻死矣。我前去东府查探形势，你在府中静候消息，若有变，可速逃命。”
诸葛长民穿戴整齐，来至东府，拜见刘裕，刘裕正在堂上批阅公文，一指旁边扶手椅，示意诸葛长民坐下稍等，诸葛长民不敢坐，站立一旁，静候刘裕办公。
约莫过了一个时辰，刘裕批好公文，抬起头见诸葛长民站在堂下，吃了一惊，道：“长民，你我兄弟，何至于此？多有怠慢，恕罪恕罪！”忙起身拉住诸葛长民之手，进入内堂，坐于大榻之上，从人在案几上摆上茶水，干鲜果品等物，刘裕一挥手将左右屏退，屋内只剩二人，诸葛长民心中惴惴，不敢讲话，屋中静谧良久，虫蚁噬木之声可闻，刘裕突然感慨道：“盘龙一死，首义者唯我二人矣。”
诸葛长民吓了一跳，不知刘裕何意，赶紧道：“刘毅一向骄纵不法，明公此去平叛，一举荡平，京师士民，额手相庆。”
刘裕并不搭话，自顾自继续道：“我年少时，嗜赌如命，尝负刁逵三万钱，为其所辱，几不得活，幸得王謐代偿，才有今日。”诸葛长民对此事也略有耳闻，从前以为只是坊间传言，今从刘裕口中亲闻，仍是震惊不已。
诸葛长民谄媚道：“刁逵为京口一蠹,太尉为民除害，大快人心。”
刘裕摇摇头，笑道：“非也，非也，我乃是恩怨分明，至情至性之人，有德报德，有仇报仇。”
诸葛长民听了，心头一紧。
刘裕接着道：“敬光（沈田子字）类我。当初，其兄弟五人家破人亡，被官府追缉，逃奔我营，我甚怜之，暗藏匿于粮船载归京口，今为死士。若其事发，我必灭族矣。”
诸葛长民首闻此事，听完后心惊肉跳，忙伸出大拇指赞道：“明公识人之明，当世无匹。”
刘裕笑了笑道：“人尽其才，物尽其用。镇恶，名相王猛之孙，性虽贪鄙，猛将之才，我欲图秦，必用之。修之滥杀，平蜀不得不求教于彼，然不可使其为将。”
诸葛长民这才恍然大悟，刘裕为何要重用此三人。
刘裕续道：“益寿（谢混小字）将赐死，谢晦跪求于我，言其无罪，我道鱼潜于渊，人何能害之，化为神乌，后羿射之。”说完，看了诸葛长民一眼。
诸葛长民赶紧拱手道：“天无二日，国无二君，萤火之光，岂能与皓月争辉？长民一向以明公马首为瞻。”
刘裕反问道：“当真如此？卢循寇京师，你曾与孟昶鼓噪迁都，令我好生为难。”
诸葛长民赶紧起身谢罪，道：“长民一时糊涂，望乞恕罪。”
刘裕叹了口气道：“彦达（孟昶字）性素刚烈，与我和时少，异时多，若不自裁，今已灭族矣。”
刘裕此话一出，时虽三月，天气尚寒，诸葛长民背上汗水涔涔而下。
刘裕招呼诸葛长民坐下，盯着他道：“平生可称生死之交者万寿（刘敬宣字）也。”
诸葛长民吓得脸色煞白，差点又一次坐起。
刘裕笑了笑重复道：“平生可称生死之交者万寿与君也。”诸葛长民这才稳住心神。
刘裕道：“数有大臣上奏，弹劾君贪赃枉法，我皆留中不发，人生百年，当秉烛夜游，我若处君之位亦如是。”说完哈哈大笑。
诸葛长民也尴尬的陪着一笑。
刘裕有些疲惫道：“昨日归京甚晚，今又案牍劳神，君且去，改日再谈。”
诸葛长民长出一口气，起身告退，刚迈步出门，突然门开处，一只大手伸出，扼住他的咽喉，诸葛长民说不出话，拼命挣扎，他回头看着刘裕，只见刘裕安坐如常，正在低头品茗。诸葛长民荷荷叫了几声，再也挣扎不动，刘裕一挥手，一名壮士跳出，将长民尸身拖出，交付廷尉，廷尉以谋反罪将诸葛长民枭首示众。杀长民者正是刘裕贴身卫士丁旿（wù ）。此后，建康流行一句谚语：“勿跋扈，付丁旿”，小儿闻之，不敢夜啼。
丁旿又率兵将诸葛黎民府邸包围，称有诏令其入宫，黎民大叫道：“我兄长民唤，始得行。”
丁旿将长民头掷入，诸葛黎民见之大哭，丁旿破门而入，黎民素骁勇，与丁旿格斗而死。丁旿并杀其季弟大司马参军诸葛幼民、从弟宁朔将军诸葛秀之，诸葛氏一门被诛除殆尽。