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文献报告总结2019.03.14

OncoBase: a platform for decoding regulatory somatic mutations in human cancers

文献报告总结2019.03.14_第1张图片
图片.png

笔记：

TCGA 、ICGC、COSMIC somatic突变
clinVar 临床突变

QTL：eQTL hQTL mQTL dQTL

体细胞突变频率？？？？

3DIV、EpiTensor、JEME、4DGeneome、GeneHancer-------Loop

Tss -- enhancer Tss -- Tss enhancer -- enhancer
chormHMM 用隐马模型25个状态确定区域活性

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文献报告总结2019.03.14_第2张图片
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SELER (Super enhancer associated lncRNA directed transcriptional regulation in human cancer)

笔记：

1、SE转录的lncRNA调控下游基因（顺式）

2、SE与LncRNA结合在细胞核内作用调控下游基因（反式）

Triplexator软件找到DNA绑定RNA
例如：SE与LncRNA结合

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文献报告总结2019.03.14_第3张图片
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文章思路很新颖 但是细节方面没有创新，应该在结合区域继续探索发现结合区域上TF等调控元件

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