11月10日 本地blast （四）

本地blast 用法

最好的办法就是看NCBI官网的介绍：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/

摘录一些如下：

哈哈，我找到了昨天没有弄好的PATH ,ncbirc。

NCBI

NCBI

NCBI

这里有一个输出的问题，输出可以选择很多格式

举个例子

可以参考：http://blog.csdn.net/openhero/article/details/7590586

0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = XML Blast output,
6 = tabular,
7 = tabular with comment lines,
8 = Text ASN.1,
9 = Binary ASN.1
10 = Comma-separated values

选5的话是xml格式，后续可以用python 解析，来提取需要的内容