GISTIC2.0安装与使用（2019）

在一年前刚开始认识GISTIC这个软件的时候，我写过一篇文档记录安装过程。

Google搜索的第1个中文信息就是（2018年，现在不是，文章现在已经有过千次的引用啦~）。

实际上，GISTIC2已经更新了几个版本，特别是使用了bash替换了之前的csh，这样就不需要再像我以前那样修改和配置了。最近又准备研究一波CNV，好好分析一下，会利用GISTIC2，所以我重新写一篇安装的教程。

下载

wget -c ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTIC_2_0_23.tar.gz

解压

mkdir GISTIC2
mv GISTIC_2_0_23.tar.gz GISTIC2/ && cd GISTIC2/
tar zxf GISTIC_2_0_23.tar.gz

此时目录下有这些文件

$ ls
examplefiles                          LICENSE.txt
example_results                       MATLAB_Compiler_Runtime
gistic2                               MCR_Installer
GISTIC_2_0_23.tar.gz                  README.txt
GISTICDocumentation_standalone_files  refgenefiles
GISTICDocumentation_standalone.htm    run_gistic_example
gp_gistic2_from_seg                   source
INSTALL.txt

安装Matlab环境

mkdir MATLAB_Compiler_Runtime
cd MCR_Installer/
unzip MCRInstaller.zip 
./install -mode silent -agreeToLicense yes -destinationFolder ~/biosoft/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/

注意，最后选项填入的路径需要是绝对路径

如果出现 java.lang.InternalError: Can't connect to X11 window server using ':0' as the value of the DISPLAY variable. 类似的错误，取消显示：

unset DISPLAY

成功没有报错就是成功了，最后软件有一些提示，需要后面设置一些环境变量：

（这个图是我后面一次安装截图的）

所以接下来我们按照要求设置这些变量。

设置Matlab变量

echo "export XAPPLRESDIR=/home/wsx/biosoft/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/v83/X11/app-defaults:\$XAPPLRESDIR" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

LD_LIBRARY_PATH 按照相应的格式设定即可。

运行GISTIC示例文件：

cd ../
./run_gistic_example

阅读文档

点击ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTICDocumentation_standalone.htm

其实在下载的GISTIC里面就有文档、安装说明等等。

更新：

今天在检查 GISTIC 报错想要重装的时候，发现本文档有些步骤不够清楚，于是增补了内容。另外，有安装好几次 GISTIC2 的经验后，我突然意识到这个过程是可以流程化，即被编码的，于是我编写了一个程序，一步搞定 GISTIC2 的安装。

仓库地址：https://github.com/ShixiangWang/install_GISTIC

有用记得点个 Star 喔。

参考

• 安装文档
• GISTIC2.0初使用
• 用GISTIC多个segment文件来找SCNA变异