HiCPlotter

ref:https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter

py2.7

python /media/shen/*/sun/biosoft/HiCPlotter-master/HiCPlotter.py -h

python HiCPlotter.py -fh 0 -tri 1 -f xxx.matrix -n xxx -chr chr18 -o chr18 -r 100000 -bed xxx.bed -dpi 300 -ptr 1 -hmc 3 -ext png

-cn 如果matrix包含NaN值,将其转为0.  默认1是有的需要转.

-fh 如果matrix含有header将跳过。默认1跳过。改为0

-ff matrix有尾巴行,默认0没有

-tri 是否是hicpro,默认0不是。改为1

-bed 提供bed文件

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

-wg 是否画整个基因组,默认是0,改为1激活

-f 输入的matrix文件

-n 文件的名字/画图用/可提供多个

-chr 需要画的指定的chr

-o 输出的文件的前缀

-r 分辨率 bp:默认100kb,需要修改

-ext 输出类型:默认jpeg

-dpi 输出图片分辨率,默认200

-hmc 颜色设置:Greys(0), Reds(1),YellowToBlue(2), YellowToRed(3-default), Hot(4), BlueToRed(5)

-ptr 是否画三角形热图,默认0,改为1激活

-trh调整三角形高度:默认是(end-start)/5


HiCPlotter_第1张图片

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