HiC学习记录（二）——HiCPlotter

因为很久没用HiCPlotter，而且之前软件也进行过更新，在再次运行相关命令时，提示以下错误：

ImportError: No module named functools_lru_cache

于是就重新安装 matplotlib：pip2 install matplotlib

之后提示，已经成功安装，版本 2.2.4；其中模块 backports.functools-lru-cache 也已经成功安装，版本 1.5

模块都在，不知错哪？于是百度求助，查到一个帖子链接如下，其中提出了多种解决方式：

python 2.7 functools_lru_cache does not import although installed

尝试了两种方式，其中有一种对我有帮助

1、matplotlib的版本问题，将版本退回到2.0.2  ，$ pip install matplotlib==2.0.2

此方式可以解决我遇到的麻烦

2、帖子中提到，不需要降低 matplotlib 的版本，可以通过先卸载 backports.functools-lru-cache模块，然后再重新安装的方法，来解决问题。这个我也试了试，不过对我并没有帮助

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解决好问题，使用HiCPlotter画图

需要用到HiC-Pro结果文件中的

HiC互作区间文件：matrix——raw文件夹中的 .bed文件；文件具体内容如下：(前三列分别是染色体及起始位置，第四列是这个区间的编号，在矩阵文件中应用)

chr1 0 1000000 1

chr1 1000000 2000000 2

chr1 2000000 3000000 3

chr1 3000000 4000000 4

HiC互作矩阵文件：matrix——raw文件夹中的 .matrix文件；文件具体内容如下：(每个数字代表的每个100Kb的区间，和bed文件对应)

1 1 678.6580801

2 324.6154051

3 156.8161281

4 135.7309751

那么对于HiCPlotter输出结果最简单的出图运行命令：

python /home/wangyahao/HiC-Pro/HiCPlotter.py -f /media/wangyahao/wyahao/HiC-Pro_out-ym/outfile/hic_results/matrix/sample1/raw/40000/sample1_40000.matrix -tri 1 -bed /media/wangyahao/wyahao/HiC-Pro_out-ym/outfile/hic_results/matrix/sample1/raw/40000/sample1_40000_abs.bed -chr chr12 -o E -r 40000 -n chr12

-f 输入matrix文件

-tri 默认是0，改为“1”指定HiC-Pro文件

-bed 输入bed文件

-n 图的名称

-chr 指定染色体

-wg 是否画整条染色体，默认0，改为“1”激活

-r 分辨率

-o 输出文件前缀

-ptr 是否画三角形热图，默认0，改为“1”激活

-trh 改变三角形高度，默认是5

-ext 输出文件类型，默认 jpeg

-dpi 输出图片分辨率，默认200

其余参数的具体含义、及其他参数的设置可参考HiCPlotter官方manual：About HiCPlotter

还可以参考以下文章：

如何绘制Hi-C全基因组互作图谱--以Nature Genetics月季基因组文章为例