生信修炼手册
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MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库

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在SNP研究领域，通过GWAS或者eQTL等手段，发现了大量与疾病或者某种复杂性状相关的SNP位点，而这些SNP的具体功能还需要进一步分析和挖掘。有科学家发现，SNP位点可以通过影响miRNA,从而引起疾病的发生与发展，所以研究miRNA相关的SNP位点是非常有意义的。

MirSNP数据库就是一个存储了miRNA相关SNP位点的数据库，网址如下

http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/

该数据库中包含两种miRNA相关的SNP位点，一种是位于pre-miRNA的gene上的SNP位点，这些SNP位点直接对miRNA的生成产生影响，分析过程示意如下

MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库_第1张图片

直接根据miRNA前体基因的染色体位置进行查找，筛选出位于该区域的SNP位点。

另外一种就是一开始讨论的位于miRNA集合区域的SNP位点，这些SNP位点可能会对miRNA与mRNA的结合造成影响, 分析过程示意如下

MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库_第2张图片

根据miranda软件预测的miRNA结合区域信息，查找位于结合区域内的SNP位点。

官网提供了多种检索功能，以single search为例进行说明，搜索框如下

MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库_第3张图片

支持Gene, mRNA, SNP, miRNA多种查询数据，可以根据不同人群中的MAF频率对SNP位点进行筛选，Bingding map会显示miRNA和mRNA结合区域的详细信息， 检索结果如下所示

MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库_第4张图片

mirSVR是mirRanda软件给出的miRNA结合的打分值，Effect是分析SNP位点对miRNA集合的影响，create代表SNP发生导致mRNA上拥有了miRNA结合位点，enhance代表SNP发生导致了miRNA结合区域更加稳定，break代表SNP发生会导致失去了miRNA结合位点，decrease代表SNP发生导致miRNA集合区域稳定性下降。

Score值是miRanda给出的miRNA结合区域稳定性的打分，数值越大，代表miRNA与mRNA结合形成的复合体结构越稳定，Energy代表复合体的自由能，conservation代表结合区域保守性的打分。

这个数据库依赖的miRBase, dbSNP数据库的版本示意如下

MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库_第5张图片

在现在看来，版本都比较旧了，但是它的分析思路仍然值得参考，我们可以利用新版本数据库中的信息，自己整理出miRNA相关的SNP位点信息。

·end·

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MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库_第6张图片

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