重点要理解中国现代化支付系统（CNAPS）体系、银联清算体系，然后才能理解其差异。
1、中国支付清算体系
先看一下《中国支付清算系统总体架构图》。
备注，图中“中央银行支付清算系统”部分是一代的，二代增加了网上支付跨行清算系统（超级网银）。
从这张图可以看出来：
CNAPS 2代（中国现代化支付系统二代）主要包括：
a、中央银行支付清算系统：大额实时支付系统、小额批量支付系统、同城票据清算系统、境内外币支付系统、全国支票影像交换系统、网上支付跨行清算系统（超级网银）
b、第三方服务组织支付清算系统：银行卡跨行支付系统（中国银联银行卡跨行交易系统）、集中代收付中心业务处理系统、城市商业银行汇票业务处理系统、农信银资金结算中心业务处理系统、其他第三方支付组织业务处理系统。
c、银行业金融机构行内支付系统
d、金融市场支付清算系统
而中国银联银行卡跨行支付系统本身只局限于银行卡跨行支付清算上。
因此可以说：中国银联银行卡跨行支付系统（CUPS）只是中国现代化支付系统（CNAPS）的一个子系统。
中国现代化支付系统的主要参与者
a、直接参与者：
人民银行地市以上中心支行（库）、在人民银行开设清算账户的银行和非银行金融机构
与城市处理中心CCPC直接连接
b、间接参与者：
人民银行县（市）支行（库）、未在人民银行开设清算账户而委托直接参与者办理资金清算的银行和经人民银行批准经营支付结算业务的非银行金融机构。
不与城市处理中心直接连接，其支付业务提交给其清算资金的直接参与者，由该直接参与者提交支付系统处理。
间接参与者的典型例子是第三方支付公司。
c、特许参与者：
经中国人民银行批准通过支付系统办理特定业务的机构。
在人民银行当地分支行开设特许账户，与当地城市处理中心连接
特许参与者的典型代表为银联
2、银联清算体系
2.1、银联清算方式
银联的支付清算包括跨行清算和收单清算。
跨行清算是针对收单机构和发卡机构的清算。
收单清算是代替收单机构针对商户和收单专业化服务机构的清算。
2.2、银联清算的环节
银联的支付清算包括淸分和资金划拨两个重要环节。
淸分是指对交易日志中记录的成功交易，逐笔计算交易本金及交易费用（手续费、分润等），然后按清算对象汇总轧差形成应收或应付金额。简言之，就是搞清楚今天应该向谁要多少钱？应该给谁多少钱？
资金划拨是指通过特定的渠道和方式，完成应收应付资金的转移。简言之，就是明确通过何种渠道，拿回应收款、付出应付款。
其中：清分是在银联清算系统内部完成的。而资金划拨是银联通过央行的大小额支付清算系统或同城票据交换系统完成的。
3、银联清算系统与央行大小额支付清算系统的关系
无论是跨行清算还是收单清算，银联都是作为一个特许参与者，加入大小额支付清算系统，完成银行卡交换业务的资金划拨。
银联通过大额支付系统，实现与境内成员机构清算账户之间的双向资金转移，此部分对应银联清算方式的跨行清算。
银联通过小额支付系统和当地的票据交换系统，实现与境内第三方机构和商户之间的单向资金转移，此部分对应银联清算方式的收单清算。
在大额支付清算系统中，银联享有比商业银行更大的特权，因为银联可以借记或贷记对方的账户，商业银行只能贷记对方的账户。在大额支付清算系统中还享有借记特权的只有国债登记公司，而且其借记操作还需有国债作抵押。
4、从资金流及信息流角度看银联清算业务
为更好理解银联清算系统与央行大小额支付系统的关系，这里从资金流及信息流角度看一下银联清算业务。
4.1、清算账户 VS. 结算账户
银联境内清算的清算账户均开立在人民银行，跨境业务的清算账户开立在代理清算银行（中行和汇丰）。
境内成员机构的清算账户均开立在人民银行。银行一般在人民银行开立有准备金账户和备付金账户，一般使用其备付金账户用于和银联的清算。
境内商户和第三方机构的结算账户均开立在商业银行。
4.2、银行卡收单（银联直连）资金流及信息流
就不画图了，凑合看。
1）、用户在收单机构或收单行的POS机上刷卡消费。（信息流）
2）、收单机构或收单行将消费报文发送给银联。（信息流）
3）、银联交易系统记录交易数据，将消费报文给发卡行。（信息流）
4）、发卡行从消费者卡中实时扣费，完成实时结算，并回复报文给银联。（资金流）
5）、银联更新交易数据，回复报文给收单机构或收单行。（信息流）
6）、银联在其清算系统完成清分。（信息流）
7）、银联通过大额支付系统，完成收单行与发卡行清算账户的资金划拨（跨行清算）（资金流）。
8）、银联通过小额支付系统或当地票据交换系统，完成第三方收单机构和商户结算账户的资金划拨（收单清算）（资金流）。
从此处可以看出：
即便在大额支付系统和小额支付关闭情况下（例如春节升级），并不影响用户通过POS及或ATM（支持跨行）的跨行刷卡交易（只涉及信息流流转）。涉及实际资金流转的资金划拨过程是可以延迟进行。
但假如是通过银行网银跨行转账，由于需要通过央行的大额、小额支付或网上支付跨行清算系统，在央行系统升级的情况下是无法进行的。
这也是为什么人行跨行支付 (CNAPS) 放假需要停运，银联 ATM 跨行转账不受影响？ - 中国银联
参考资料
银联清算业务基础知识介绍
作者：梁川
链接：https://www.zhihu.com/question/20598776/answer/64546061
来源：知乎
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