宏基因组基因预测软件

Prodigal也即Prokaryotic Dynamic ProgrammingGenefinding Algorithm（原核生物动态规划基因查找算法，https://github.com/hyattpd/Prodigal/），主要应用于细菌和古生菌基因预测，如果要对meta样品做基因预测，prodigal还专门提供了meta的版本。相对与glimmer基因预测工具，prodigal步骤简单更加好用，而且软件可以直接输出基因的核酸序列并翻译出的相应的氨基酸序列。

GeneMark（http://topaz.gatech.edu/GeneMark/）是一款主流的基因预测软件，可以使用蛋白质编码序列和非编码序列的Markov模型（及启发式算法Heuristic Model），以及起始位置核苷酸频率矩阵来提高基因预测的准确性，广泛适用于细菌、古菌、宏基因组、宏转录组的基因预测。

（宏）基因组编码基因预测