基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）

系列目录：
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（一）
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）

通过上一部分的分析得到了以下数据：

id.txt
Nramp_cds.fasta
nramp_protein.fasta
gene.bed
gene_seq.fasta

接下来利用获得的这些数据进行可视化。

---

1.motif分析
meme: http://meme-suite.org/tools/meme；方法参见 MEME在线网站查找motif步骤

meme得到的motif结果

下载xml文件（meme和mast两个结果）,放到TBtools中去，结果漂亮一些

nramp_protein_meme.xml
nramp_protein_mast.xml

TBtools得到的结果

2.基因结构，同样适用TBtools

基因结构

3.构树

---

TBtools合并以上三个分析：

---

参考：
01 MEME在线网站查找motif步骤
02 [软件使用] 使用TBtools重新绘制MEME motif图http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=2312&highlight=MEME
03 TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析