西西里远征之后雅典就处于被动之中。前413年，雅典重步兵约9000人，11000人的雇工阶层公民和3000外邦人，这次战争开始时少了一半。但是，这样的指标依然让雅典很强大，更何况雅典的海上力量虽然损失了216艘战舰，但是制海权依然在雅典人手上。斯巴达的海上力量不仅仅是相比雅典弱小，而是绝对的弱小，关键是他们没有经验丰富的桨手和指挥官。
雅典长期积累的国力，不可能被一下子击垮。民主制在这里发挥了自己的优势，就是强大的凝聚力。
为了应对西西里远征之后政治与财政的困境，雅典人选举了十名贤哲——由每个部落选出。这个“十位贤哲”被赋予向公民大会提案权，实际上是取代了议事会。同时，雅典决定动用战初准备的1000塔兰同储备资金。
在面临生存时，雅典的直接民主还是很愿意做出相应的变化的。但是，这样的变化太小了，并没有改变甚至都没有怎么影响民主制。修昔底德甚至挖苦了一下雅典:“在危机时刻，雅典人像往常一样，愿意纪律严明地去做任何事。”
雅典的失败给了斯巴达极大的信心。再拥有了力量平衡上的变化之后，他们表现出了“他们可以安全的控制全希腊的霸权”的野心。比如之后，斯巴达与波斯总督提撒弗捏斯签订修订的各种条约。正是波斯的加入，使得战争的情况变得复杂，同时也推进战争的进程，要不然谁知道双方还能打多久。
斯巴达为了赢得战争，斯巴达人为了从战争中获得财富与荣誉，战争的机器快速运转起来。阿基斯二世国王先是煽动雅典附庸国叛乱，同时又扣押人质和勒索钱财——这表明他的野心随斯巴达的野心一同膨胀。随后，优卑亚、莱斯博斯和希俄斯都邀请斯巴达帮助自己拜托雅典的压迫。波斯在小亚细亚南北的两个总督提撒弗捏斯和法那巴佐斯也派来使团，最后斯巴达选择了希俄斯和提撒弗捏斯。原因是提撒弗捏斯的地位更好，同时希俄斯有自己的舰队。
但在出兵时，科林斯却要求在地峡运动会（四大泛希腊运动会之一）结束后前往。科林斯此举可能是因为感受到了斯巴达的野心，而有所芥蒂。
前412年7月，阿尔卡美涅斯领船21艘。但却被雅典舰队在废弃港口斯皮赖奥击败，阿尔卡美涅斯本人战死。此战向世人表明雅典依然掌控海洋，海军实力依然远在斯巴达之上。
亚西比德鼓动斯巴达前往小亚细亚煽动雅典盟邦叛乱。亚西比德的斯巴达人盟友卡尔基丢斯和监察官也认同。到达目的地后，卡尔基丢斯与提撒弗捏斯签订条约。这个条约让斯巴达承认波斯国王极其先王所统治过的地方。这个条约可以说出卖了希腊人的利益，这也暴露了斯巴达的野心。不过这个条约是卡尔基丢斯秘密签订的，也是在亚西比德的帮助下。如果这个条约被公开，那么斯巴达的处境会十分尴尬。亚西比德帮助签订这个条约，其实他是在利用斯巴达的野心，使其自食恶果，他好返回雅典。
希俄斯、莱斯博斯、优卑亚及周边盟邦都在斯巴达的帮助叛变，这给雅典很大的压力，让其自顾不暇。不过，雅典人并不是这么能被轻易击垮的。
雅典首先收复莱斯博斯岛，随后又收复克拉佐门奈并用海军封锁希俄斯岛。海军的劣势再次阻碍了斯巴达的军事行动，反观雅典又因为海军实力而稳定局势。不过，雅典在米利都时，为了避免与斯巴达陆军接触而撤退，这让阿尔戈斯人很是不满，随机退出战争。因为撤离米利都，伊阿苏斯也被斯巴达占领，导致波斯反叛者，雅典的盟友阿摩基斯被抓。这两件事都给雅典造成不小的影响。
煽动雅典盟邦叛乱的努力没有成功，而且支持亚西比德卡尔基丢斯阵亡，监察官卸任，这让亚西比德很是被动。再加上传闻他给阿基斯二世国王戴绿帽，两人关系甚差。最终，亚西比德投奔提撒弗捏斯。
在海上的胜利给了雅典很大的信心，但是这并没有掩盖远征所带来的后果。雅典一些人开始密谋推翻民主制，建立寡头制。有的人是温和派，希望对民主加以限制。温和派的主要人物是色拉西布洛斯，雅典城的政治俱乐部很多也是寡头派，而派桑德和普率尼科斯则属于投机派。
雅典城内的寡头派大多是重步兵或更高的阶层。驻守在莱斯博斯的雅典舰队的士兵大多是较低阶层，他们支持民主制，在色拉西布洛斯的领导下他们是温和派。寡头派希望取代民主制，温和派希望改进民主制（哪怕只是暂时的），寡头派为了和温和派合作，隐瞒了自己的真实目的。双方的合作关键在于亚西比德，他利用自己对提撒弗捏斯的影响力来希望回到雅典。双方把希望寄托与亚西比德，希望他能把波斯拉向雅典一边而打赢战争。以此为借口他们向雅典提出对民主制的改革。
温和派的雅典舰队大多在莱斯博斯岛，寡头派大多在城内，所以对于“改革”，寡头派成了行动者。他们开始在城内刺杀那些民主派人士，一时在城内形成人人自危的局面。公民大会时，没有人敢于发言，生怕被人报复，寡头派实际上控制了公民大会。他们组成一个“三十人委员会”，并在不久后在雅典城外的克罗诺斯西比乌斯山上开会，而非传统的铺尼克斯山，同时派重步兵保护。这样的目的很明显了，他们在控制公民大会的情况下政变成功了，结束了一个世纪的民主制——这一年（前411）刚好是民主制一百周年。而莱斯博斯岛上的温和派以为这是改革的必要手段，没有干预。
不久真实情况就传到莱斯博斯岛。再加上亚西比德的真是目的被提撒弗捏斯知晓而失宠，也就失去了原有的价值，不过他伪装的很好。温和派与寡头派决裂。为了自保，寡头派开始主动联系斯巴达求和。寡头派出卖国家的行为也被发现。莱斯博斯岛的驻军与寡头派决裂，而雅典城政变之后的四百人会议也有内部分歧。塞拉门尼斯属于寡头派的温和派，他反对更加狭隘的寡头政权。最终在爱国者和温和派的努力下，终结寡头统治。“五千人”政体上台，十个月后完全过度到原先的民主政治。有人评价“五千人政体”是雅典最美好的时期。
斯巴达与提撒弗捏斯的合作并不愉快，于是他们向北与法那巴佐斯合作，把目标放在了赫勒斯滂海峡上，这里是是雅典从黑海进口粮食的重要通道。先在基诺塞马战役，雅典75艘战舰，斯巴达86艘。因为海峡地形，斯巴达的司令明达鲁斯准备利用近战优势打击雅典。但是在交战中，色拉西布洛斯即是发现了斯巴达的圈套。雅典海军的高素质救了他们，他们把纪律涣散的斯巴达击败。而且亚西比德的援军及时赶到（寡头派倒台后他回到莱斯博斯冰担任将军，但并没有回雅典）。最终，雅典损失15艘，俘虏21艘。这场战役意义重大，如果雅典战败，那么整个战争就结束了。
随后不就又发生库济库斯战役。雅典兵分四路:重步兵直奔库济库斯；塞拉门尼斯和色拉西布洛斯各率一直共46艘战舰。藏在阿尔塔基半岛北端；亚西比德领40艘作为诱饵径直奔向库济库斯。斯巴达的明达鲁斯有80艘（包括叙拉古等盟邦船）。中计的明达鲁斯败的很惨，本人战死，众多士兵被俘，大量的军姿和除叙拉古之外的所有战舰被雅典缴获。叙拉古在绝望之下也把自己的船焚毁。雅典人再次牢牢控制了赫勒斯滂海峡，保障了雅典的粮食供应。
雅典没有在西西里之后一泻千里，事实再次证明斯巴达要想战胜雅典，必须打败雅典海军。但就目前来看，斯巴达没有这样的能力。僵局还会持续多久，请看下篇。