学习小组Day5笔记--董昆

这部分主要是R和Rstudio的下载与上手

今天的内容，怎么说呢。。。并不难，但是各种零七八碎的内容很多，还是得梳理下，所以，上导图先，做得比较乱，将就看。。。

R和Rstudio的下载与上手

前期工作，关于电脑用户名

在下载和安装Rstudio之前，先查看你的电脑用户名是中文还是英文。。。
这很重要，因为中文用户名无法安装Rstudio。。。好吧，毕竟是老外做的软件

• 电脑用户名是这样子查滴

  • 在电脑桌面上新建个文件夹

  • 进入文件夹，然后点击左上角的 “文件夹” 图标，显示 “C:\Users\Administrator\Desktop\新建文件夹”
    

    

  • 这样子就表明你的电脑用户名 （Administrator）还是英文的，如果Administrator位置是别的中文名字，表明你之前把用户名改成了中文。。。

  • 中文用户名请参考这里

下载R和Rstudio

• 推荐微信搜索 “果子学生信 给自己一个全新的R语言环境”，帮助很大

• 下载R语言

  • 选择“Download R for Windows”
  • 点击“base”
  • 选择“Download R 3.5.1 for Windows”
  • 之后就是常规的软件下载安装那一套（记得装在C盘这种软件默认C盘，装在别的地方有可能运行不了 别问我为什么）

• 下载Rstudio

  • 选择第一个 “RStudio Desktop Open Source License”，点击
    “DOWNLOAD”
  • 进入下载列表，依喜好选择下载版本（此处选择 RStudio 1.1.456 - Windows Vista/7/8/10）
  • 之后就是常规的软件下载安装那一套（记得装在C盘，理由同上）
  • 安装完成后，点开Rstudio
    • 依次点开 Tools下的 Global Options
    • 在弹出界面设置 pakage（面板）和 appearance（外观）
      
      

      mirror这里，选择清华的服务器
      
      
      

      外观这里，直接用小洁的图了，很清晰

认识Rstudio：性质和工作界面

• 性质：本质上是作为R的操作平台
• 工作界面：一共四个（如果运行时发现少于4个，Ctrl + Alt + Shift + 0）
  • 左上界面：代码窗口，打开脚本文件
    • 新建：New file — R-script 脚本文件
    • Run：运行
    • reRun：再次运行
    • source：运行脚本中所有代码
    • source with echo：显示脚本运行的详细信息
    • 荧光棒：对脚本进行检查
    • 放大镜：查找和替换
    • 保存：将代码保存在一个文件中
  • 左下界面：控制台
    • Rstudio的主要操作区
    • 交互式使用
    • 可以自动补齐
  • 右上界面
    • history：历史记录，显示敲过的代码
    • Environment：环境，显示对象及其数值
  • 右下界面：集成：文件/绘图/包/帮助
    • files：工作区的文件
    • 图形展示窗口（Plots）：绘图窗口，最简单的绘图命令：plots

    • 帮助（Help）

      
      
      

      继续用小洁的图片，箭头帮助很大
  • 常用快捷键（还是抄小洁的）
    • 显示历史记录：在控制台输入 control+上箭头
      
      
    • 中断当前操作：ESC
    • 显示所有快捷键：alt+shift+k

用R作图

• 这里只用最基本的plot
  输入 plot(runif(50))
  
  

  第一张图，虽说是按着教程模仿的

R的基本操作

• 设定/查看工作目录

  • 设定工作目录：setwd(dir="D:/教程/生物信息（孙小洁）/Rdate")
    PS: 这里用应注意 “” 的使用和 / 的方向，以及用英文输入法，另外，dir=可以省略
    相当于linux的pwd（查看工作目录）
  • 查看工作目录：getwd()
    
    

• 显示文件列表

  • list.files() 或者 dir()

  • 这俩一个意思，都相当于ls

    
    
    

• 计算

  • 1+2 回车

    
    
    

• 函数

  • 列出函数：
    ls() ：列出变量名
    str(a)：列出变量a的具体信息
    ls.str(a)：列出变量名a及其具体信息
    ls(all.name=TRUE)：将以.开头的对象也一并列出
  • 函数的输入：
    以“求和”为例：输入 sum(1,2,3,4,5)
    
    

• 赋值

  • 赋值符号：<- （长得跟箭头似的）
    小于号加上减号
  • 含义：x<- 1+2
    意思是把1+2的运算结果赋值给x，赋值后，x会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里
    直接输入x，然后回车，出现3，[1]是个行号，3就是x的值
    
    
    
    
    
  • 延伸：y<- sum(1,2,3,4,5)
    意思是把1+2+3+4+5的运算结果赋值给y
  • 其它：->，意为把左边赋值给右边（不太常用）

• 删除对象

  • rm(b)：删除 b
  • rm(u,c)：删除 u 和 c

• 列出历史记录

  • history()：会给你列出一大堆
  • history(10)：列出最近的10条记录

• 清空屏幕

  • ctrl+l

• 保存工作空间

  • save.image：保存数据和绘图函数

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今天就这样吧，明天继续