Pymol渲染（Ray）笔记

Ray

ray将会创建一个现在的框架图像的渲染（ray-traced）图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图，其实ray有许多功能可以挖掘，这里简单介绍一小部分。

使用

ray [width,height [,renderer [,angle [,shift ]]]

angle和shift将会生成立体的配对
width和height为设置ray的长宽，可以超出现在的框架

例子

默认图像

3fbi-1.png

简单渲染

#全部使用默认设置
ray

3fbi-2.png

PyMol API

cmd.ray(int width,int height,int renderer=-1,float shift=0)

设置

渲染模式

设置Ray_trace_mode设置可以修改最终成图的时候的PyMOL的内部渲染蛋白的模式.
下面可以查看不同模式的效果

# 普通颜色
set ray_trace_mode, 0

# 普通颜色+黑色线
set ray_trace_mode, 1

# 仅包含黑色线
set ray_trace_mode, 2

# 倍色+黑色线
set ray_trace_mode, 3

# 建议设置
set antialias, 2

# 更改线的颜色
set ray_trace_color, magenta

效果如下

ray_trace_mode, 1

3fbi-3.png

ray_trace_mode, 2

3fbi-4.png

ray_trace_mode, 3

3fbi-5.png

ray_trace_color, magenta

3fbi-6.png

透视

在0.98版本以后，渲染速度得到了提升，选择的开关如下:

set orthoscopic, off

set orthoscopic, on

放大近景如下:

set field_of_view, X

当50

orthoscopic, off

3fbi-7.png

orthoscopic, on

3fbi-8.png

set field_of_view, 70

3fbi-9.png

不知道为何我做出来没有效果，可以看官方的图例

[图片上传中...(3fbi-10.png-aae662-1519623768708-0)]

渲染

renderer = -1 为默认渲染

renderer = 0 为PyMOL内部渲染器

renderer = 1 使用PovRay渲染器， Unix-only

例子如下

# ray trace with an external renderer.
ray renderer=0

比较了一下-1和0模式的效果差别不大。