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Automatic resolution of sequence identifiers
The BLAST+ search applications support automatic resolution of query and subject sequence identifiers specified as GIs or accessions (see the cookbook section for an example). This feature enables the user to specify one or more sequence identifiers (GIs and/or accessions, one per line) in a file as the input to the -query and -subject command line options. Upon encountering this type of input, by default the BLAST+ search applications will try to resolve these sequence identifiers in locally available BLAST databases first, then in the BLAST databases at NCBI, and finally in Genbank (the latter two data sources require a properly configured internet connection). These data sources can be configured via the DATA_LOADERS configuration option and the BLAST databases to search can be configured via the BLASTDB_PROT_DATA_LOADER and BLASTDB_NUCL_DATA_LOADER configuration options (see the section on Configuring BLAST).

自动分辨序列标识符

BLAST +搜索应用程序支持自动解析指定为GI或加入的查询和主题序列标识符（有关示例，请参阅coobook 部分）。 此功能使用户能够在文件中指定一个或多个序列标识符（GI和/或入口，每行一个）作为-query和-subject命令行选项的输入。

在遇到这种类型的输入时，默认情况下，BLAST +搜索应用程序将首先尝试在本地可用的BLAST数据库中解析这些序列标识符，然后在NCBI的BLAST数据库中，最后在Genbank中（后两个数据源需要正确配置的互联网 连接）。 可以通过DATA_LOADERS配置选项配置这些数据源，并且可以通过BLASTDB_PROT_DATA_LOADER和BLASTDB_NUCL_DATA_LOADER配置选项来配置要搜索的BLAST数据库（请参阅配置BLAST部分）。

本地化数据库：http://wangyufeng222.blog.163.com/blog/static/12822207020101013105158335/
参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-981687-725295.html

格式化数据库

makeprofiledb -title Pfam.v.xxx -in Pfam.pn -out Pfam -threshold 9.82 -scale 100.0 -dbtype rps -index true

source .bashrc

blastp

blastp -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out.txt' -task 'blastp' -db 'Cdd'

huangle@huangle-ThinkStation-P300:~/CDD/cdd$

rpsblast

rpsblast -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out-rpsblast1.txt' -db '/home/huangle/data/cdd/Cdd' -evalue '1e-23' -outfmt 7

rpsblast -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out-rpsblast.txt'  -db Cdd -evalue 1e-23 

我的sh文件:
rpsblast.sh 有点慢

rpsblast -query '/home/huangle/data/1.fas' -out '/home/huangle/data/out-rpsblast1.txt' -db '/home/huangle/data/cdd/Cdd' -evalue '1e-23' -outfmt 7