环境分级
空气中含尘浓度和微生物量是无菌产品特别是某些生物制剂API洁净室环境条件的重要衡量标准，洁净室等级就是根据这些不同衡量标准的数值确定的。环境等级有几种类似的提法：ISPE指南采用的是ISO标准的“级”，如“7级”即为ISO7（每立方米352000个微粒——动态，0.5um粒径），微生物限值为10cfu/m。通过对比，ISPEde “7级”同欧洲标准的B级很相似，不同的是欧洲标准的A/B/C/D级尚有静态限值。我国GMP采用了同欧盟相同的分级标准。
级别的保持
设计师可能习惯运用洁净室等级，对应换气率（室内换气次数）这一“经验法则”。经验丰富的设计者只讲这种方法应用在方案设计中，然后再根据对工艺流程的进一步了解调整所需换气次数。设计者应考虑换气率、空气含尘浓度、洁净室自净时间的相互关系。虽然换气率是只要厂暖通空调系统设计中的重要参数，但是相对于生产房间的分级而言，换气率与自净能力之间有着更紧密的关系，换气率取决于房间尺寸和空气流量任意设定换气率将决定房间的送风量，并影响到工程投资和生命周期成本。
尘埃粒子生成率
如果已知稳态洁净室内微粒数量、洁净室送风量及送风量中微粒含量，即可通过计算得出微粒生成率。然后可将微粒生成率值应用于同类设施的相同生产房间。当采用经验数据进行尘埃粒子监控时，应考虑正在处理的产品微粒并非污染物，如无菌粉末填充时微粒数较多，这同填充过程相关，并非洁净室设计失败。尽管运行中的设备科产生大量微粒，但操作人员任是微生物污染的主要来源，加强对人体释放总微粒数的控制即可加强对洁净室内微生物微粒的控制。在保证室内洁净要求的前提下，可以减少房间的送风量，但仍应维持室内温湿度、自净时间、室内空气量的平衡等要求。
产品及工艺考虑
暖通空调旨在确保生产人员的舒适性，保护设施内部人员和设施外部人员不受空气中有害物质的危害。为了确保药品质量，还要保证药品生产所要求的空气环境。因为，产品可能受到温度、湿度、来自外界的空气污染或产品之间定义污染的影响，而操作人员也可能会暴露于空气悬浮有害物中。对产品和工艺过程的了解是良好暖通空调系统设计的关键。
污染控制
医药洁净室暖通空调系统应能控制空气污染，以保证药品的纯度、均一性和品质。洁净室污染控制通常可通过下述方式实现，即：向工作场所送入净化过滤的空气，同环境空气混合并稀释洁净室空气中的污染物。
微粒总数与活性微粒
大多数尘埃微粒都不具有生命力，只有一小部分（＜1%）微粒具有生命力，比如细菌和病毒，它们是可以繁殖的，因此这些带有微生物的活性微粒同不带魏胜利的微粒一起运动，由此会污染到其它微粒。
温度、湿度对污染控制的影响
健康人身材的环境污染物很少：在基本上作者工作时，一名普通工人每分钟释放100000个微粒（粒径≥0.3μm）。一名发热、身体不适的工人每分钟可能释放百万个上述粒径范围内的微粒，包括再多的细菌。较高的温度和湿度还会加快表面微生物和霉菌的生长速度，由此对产品质量产生影响。
单向流罩（UFH）对换气率的影响
有单向流罩流出的空气常比洁净室内空气洁净得多，这部分来自UFH的相对洁净的空气与暖通空调（HVAC）系统的送风共同稀释室内含尘空气。除可减少室内微粒外，UFH罩内空气还有助于加快洁净室的自净速率。但是，在计算房间换气率时，不能将UFH罩最大风量包括在内，过滤后的空气返回进气口仅能在局部区域创造超净环境，因为：这部分空气仅对气流刘静的区域产生影响，若罩入口靠近室内送风口，空气也可从捷径进入UFH罩，无助于在室内混合空气。流出UFH罩的空气可能不如洁净室送风同样捷径，尽管罩下的关键位置可列入A级，但流出空气中可能已带有设备和人员散发的污染物。通过在洁净室内使用HEPA的风机过滤机组（FFU）也同样可以提高室内空气洁净度和自净率。