学习小组Day3-xz

今天是生信学习第三天，学习基本的软件安装

准备工作

检查有无bzip2，若没有 yum install -y bzip2 安装

下载软件管理Miniconda

Miniconda相当于App store，一个干实事的分支

安装Miniconda

先百度进入Miniconda的网址，选择适合自己服务器的版本，右键复制链接

S0$9ARZ$LR4L~YA(PZ5LFNS.png

使用代码

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路enter，然后yes


QQ图片20180822222323.png

1.png

2.png

安装后激活
source ~/.bashrc
conda

3.png

添加国内镜像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

搞定啦

使用conda

1. 查看当前所有软件列表 conda list
2. 搜索软件 conda search fastqc
3. 安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】
4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

分身功能
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。(引自生信星球）

1、查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
2、建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3、激活新的conda环境source activate rna-seq
4、卸载一个环境中的软件
卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
全部卸载，也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq -all