Bioconda 安装转录组分析工具详细指南

Bioconda 安装详细指南

转自：生信技能树-转录组作业（一）来自零基础的小白

这位老兄确实写的狠详细！忍不住转了，win用户还是看原贴把，我把vm装ubuntu那块删了。陆地棉三代出了，意味着我那一大坨RNAseq的结果还要重新跑一遍，先自己鼓捣这把软件安好吧...

软件安装（conda命令安装）

Bioconda安装：

1. 要使用conda命令，需要先安装它。（官网https://bioconda.github.io）（这个不知道是怎么回事，点开发现这么一段：

Bioconda requires the conda package manager to be installed. If you have an Anaconda Python installation, you already have it. Otherwise, the best way to install it is with the Miniconda package. The Python 3 version is recommended.
可能原作者的意思是要下载miniconda？

2. 进入官网后，找到安装包，右键它获得下载链接；
3. 进入终端，输入：wget 安装包链接（前面有空格），回车运行；
4. 输入bash 安装包文件名（直接在上一个命令运行完成后末尾可以直接复制，再重复一下，前面有空格）；
5. 中途会出现：Do you approve the license terms?[yes/no]，输入yes；Do you wish the installer to prepend...[yes/no]，输入yes；
6. 输入source ~/.bashrc；
7. 添加频道，便于一些软件的安装，分别输入，如下：

conda config –add channels conda-forge
conda config –add channels defaults
conda config –add channels r
conda config –add channels bioconda

8. 查看添加的频道：conda config –get channels
9. 其他功能（如更新和卸载功能）见下面的两个链接：
   参考链接①：https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567（这个链接讲的比较详细）
   参考链接②：http://www.bio-info-club.com/?p=207（相对简单，但清楚明了，很容易理解）
   （2）sratoolkit、fastqc、hisat2、samtools、htseq-count、R、Rstudio七个软件的安装
   conda安装的默认最新版软件，安装指定版本命令（conda install 软件名 =版本号），查看可选版本命令（conda search 软件名），这里只是简单提一下，不做深入介绍，只是便于小白理解conda命令。下面的一些命令取自于团长的任务帖子和青山屋主的作业帖子。
   (版本号可以点进官网看最新的版本自行修改）
   a.sratoolkit（官网：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software）
   conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1(报错了...）
   b.fastqc（官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/）
   conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
   c.hisat2（官网：http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml）
   conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
   d.samtools（新官网：http://www.htslib.org/）
   conda install -c bioconda samtools=1.5
   e.htseq-count（官网：http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/install.html#installation-on-linux）
   conda install -c bioconda htseq=0.7.2
   f.R（官网：https://cran.r-project.org/）
   sudo yum install epel-release（ps这个sudo命令会提示输入系统管理员的密码，你输入时会什么都看不见，以为自己没有输入，实际上你已经输入了，只是没有像windows系统显示而已）
   sudo yum install r
g.Rstudio #（官网：https://www.rstudio.com/）
conda install rstudio

一些重要的提醒

安装软件过程中，下载速度都不是特别快，最好在安装过程中看看其他安装步骤，这样效率更好一点。
另外，安装过程中会出现输入yes或者no的情况，一定记得去输入。
conda命令比较方便，相对于其他命令，小白更容易理解与接受，而且这样安装，成功率都是非常高的。
conda命令的详细内容，要做进一步了解，看看官网，读读相关书籍。
如果看见有错误的地方，请回复我，我会及时改正的。