#基因组# 组织特异性gene、miRNA、lncRNA、调控元件数据库合辑

理解基因组织特异性表达对于阐明组织发育和功能的分子机制具有重要的意义，人类基因组中约25000个基因的表达水平在时间和空间上都表现出显着的多样性，但这两万多个基因却仅仅被小于2000个的转录因子调控，并且这些转录因子也存在组织特异性的调控方式.而更复杂的是基因组中存在这起着重要调控作用的miRNA，1881 pre-miRNA产生的2588多个成熟miRNA也具有极高的组织特异性并且由于部分miRNA在基因调控中的关键作用而被用作各种肿瘤或疾病识别的biomarker。除此之外还有不断发现的新的功能复杂的lncRNA，还有各种组织特异性顺式调控元件如增强子、绝缘子和沉默子。

现如今随着各个组织的表达谱的逐渐完善，各种组织特异性数据库也层出不群，小编收集了

组织特异性基因表达数据库：

1. TiGER (http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/tiger/) ，
2. TISGED (http://bioinf.xmu.edu.cn:8080/databases/TiSGeD/index.html)
3. PaGenBase (http://bioinf.xmu.edu.cn/PaGenBase/)

组织特异性miRNA表达数据库：

1. TissueAtlas (https://ccb-web.cs.uni-saarland.de/tissueatlas/)
2. TSmiR (http://bioeng.swjtu.edu.cn/TSmiR)
3. miTALOS (http://mips.helmholtz-muenchen.de/mitalos/)

组织特异性lncRNA数据库：

1. Ubetis-LncDB (http://www.bio-bigdata.com/Ubetis-LncDB/)

组织特异性增强子数据库

1. VISTA Enhancer Browser (http://enhancer.lbl.gov)

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组织特异性转录因子数据库还真没找到，主要原因是由于缺少转录因子在各个组织中的表达谱。但以前有人将mRNA表达谱也作为蛋白表达谱进行分析筛选组织特异性转录因子，由于mRNA翻译为蛋白质的过程中存在转录后调控，蛋白表达谱与基因表达谱还是存在差异的，所以这个方法并不准确。

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