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从清末到民初形成的主流军阀，主要来源有三种：
1、清末组建的新军，以袁世凯的小站新军为主；
2、清末组建的各地巡防营为主的旧军；
3、清末组建的武备学堂及海外军事院校。
先说第一种。大家都知道清朝打天下的根基是八旗，由于八旗是世袭制度，因此到了第一次鸦片战争的时候就已经没什么战斗力、沦为仪仗队的摆设了。除了八旗，还有一支正规军叫绿营，最初是收编的明朝降军，全都是汉人，因为旗帜是绿色的，所以叫绿营；但跟八旗一样，多年来绿营也因为腐化堕落，太平天国时期根本不是长毛军的对手，这个时候曾国藩李鸿章组建的湘军、淮军登场了。湘军的军纪很差，属于穿制服的土匪，对平民奸淫掳掠无恶不作，淮军的军纪也好不到哪儿去，而且内战内行，外战外行，甲午战争被日军打得一溃不成军。多年来一直挨打，清政府也是受够了，于是组建新军，放弃了国粹传家宝的大刀长矛，使用西式武器装备。
招募兵源、买武器都是要花钱的，由于清政府当时一屁股外债，就把组建新军的权力下放到地方，让各省自己搞钱，这就等于开了一个日后军阀割据的口子。新军主要分为南北两拨，袁世凯在天津小站建立的叫定武军，李鸿章改名为新建陆军，最开始定员五千人，后来袁大头扩充到七千人，从此小站成为北洋大佬们的摇篮，步兵统领是冯国璋、炮兵统领是段祺瑞、工程兵统领是王士珍，另外当过北洋政府总统和总理的徐世昌、唐绍仪，则是军务参谋。张之洞在江苏组建的新军叫自强军，他喜欢有文化的士兵，收了很多因为清政府废除科举导致失去上升通道的读书人，但是这部分士兵对朝廷一直心怀不满。后来张之洞被调到湖北，也带了一部分自强军过去，结果搞辛亥革命的那帮乱党就来自于这支队伍，其中最有名的是黎元洪。
因为民国建立后袁大头一人得道，所以小站新军系统出来的军阀们也就跟着鸡犬升天。清朝的河北省叫直隶，冯国璋是河北人，他的手下曹锟、以及曹锟的手下吴佩孚都被称为直系；段祺瑞是安徽人，他的派系叫皖系，这个派系的主要人物是袁世凯的干儿子段芝贵、以及老段的智囊徐树铮。另外还有一个奇葩冯玉祥，一开始是靠着皖系的钱和兵起家，紧接着又摇身一变成了直系；在直系捞足了好处之后，回身一脚把直系踹趴下、跟奉系一起混了；拿着奉系的钱、没多久又捅了奉系一刀，同南方的炮党眉来眼去；通过炮党搭上苏联这条线，又跑到苏联人拉来天使轮，重整军队打炮党；被炮党和张学良击败之后，总算老实一点了，但也没闲着，一边在炮党当吉祥物，一边私底下与某社团嘀嘀咕咕，直到最后被彻底干掉，终于不再折腾了。
再讲一下第二种。新军组建后，为了防止淘汰下来绿营、淮军士兵作乱，清政府把他们编入巡防营，相对于新军，这些巡防营以及其他杂牌部队被称为旧军。新军一个骑兵营是500人、步兵营和炮兵营是1000人，巡防营则缩水成一个营只有200到300人，相当于现代的一个连；不过跟新军一样，巡防营也装配西式武器。全国各省的旧军也分档次，水平参差不齐，有些地方的旧军还是绿营、淮军的老一套，任人唯亲，比如后来拉着溥仪搞复辟的辫帅张勋，早年是广西提督苏元春家的厨子，因为烧菜烧得好，被提拔上来带兵。张勋不光烧菜手艺高，运气也很好，八国联军时他的部队正好在北京值勤，保护慈禧光绪出逃，护驾有功，没过几年就平步青云成为江南提督。苏元春看人还是挺准的，除了张勋，他提拔的另一个人也混成了大人物，就是后来的西南王陆荣廷。
陆荣廷是广西人，以前是混社会的，啸聚山林打家劫舍的那种社会；后来在中法战争时被招安变成官军。洗白上岸后，老陆算是孙大炮的苦主，炮党在广西搞的几次起义，全被老陆打下去了，因此老陆升得特别快，光绪年间就已经是广西提督，连巡抚、总督都要看他脸色。袁大头称帝时大封群臣，赏给老陆一个侯爵，却给老陆的儿女亲家、广东军头龙济光公爵头衔，龙济光是云南世袭土司出身（此处感谢知友
指正），可能在袁大头的眼里血统要比出身草莽的陆荣廷更高贵吧？老陆早就瞅着更富庶的广东眼红了，于是就借机率兵赶走自己的亲家龙济光，占领了广东。不过这个西南王没当多久，他的两个手下李宗仁和白崇禧暗中联合孙大炮把他也赶走了。下克上嘛，北洋老传统了。
跟广西一样，东北旧军也有个强势的领袖张作霖。老张是辽宁（当时叫奉天）人，早年当乡村兽医，后来也混社会，不过跟陆荣廷的那种社会性质还不太一样：老陆是劫道的，老张是收保护费的。被招安后，老张奉命剿匪，别的官军剿匪是把土匪赶出自己的防区就算了，他则是把土匪往死里打，从辽宁一路追杀到蒙古。老张身材瘦小，长得又清秀白净，但性格火爆，打仗总是身先士卒，骑马冲在前面，因此手下的一帮亡命之徒都对他死心塌地、忠心耿耿。而且老张的军队军纪严明，不扰民，跟友军也不起冲突，官场民间的口碑都是五星好评，所以也是以火箭的速度窜升，辛亥革命时已经是一个人统辖十八营人马，再加上其他两个旧军军头马龙潭、吴俊升也听他的指挥，年纪轻轻的老张手下有近万人，成为东北最大的实力派。
新军是正规军，巡防营只是治安部队，在军饷待遇和兵员素质上都不如新军，所以全国的巡防营都被新军压一头，但唯独辽宁的新军怕巡防营。东北的新军先后由蒋方震（后来的保定军校校长）和蓝天蔚统领，这两位都是从日本回来的海龟，尤其蒋方震更是拿过日本陆军士官学校毕业考试全校第一的学霸，年轻气盛，根本不把巡防营的旧军将领们放在眼里。老张这个人喜欢交朋友，先是拎着手枪要找蒋方震比划比划（老张的枪法非常准，在北洋军阀里数一数二），辛亥革命时又拎着手榴弹去跟蓝天蔚开会，瑞典有句老话叫“横的怕愣的，愣的怕不要命的”，蒋蓝二人一通操作猛如虎，结果碰上了辽北狠人雨亭哥，只得目瞪口呆原地杵。张作霖也不是一味蛮横，赶走了新军之后，他软硬兼施，没几年把黑龙江和吉林也收入囊中，成为实实在在的东北王。
最后讲一下第三种。甲午战争后，清政府送出一批留学生去日本的陆军士官学校学习现代军事，这批留学生里后来成了气候的有前面提到过的蒋方震、蓝天蔚、徐树铮、段芝贵，也有大家肯定都听说过的蔡锷、阎锡山、孙传芳、何应钦等人。但袁大头认为知识越多越反动，所以选拔军官干部时不太喜欢文化程度高的人，反倒是段祺瑞这种好歹也曾公费留学德国、结果回国后连军官考试都通不过的学渣，袁大头青睐有加，补考前偷偷把考题泄露给他，老段这才勉强过关。袁世凯看不上这帮日本海龟，但段祺瑞却很重视，他手下的皖系四大金刚徐树铮、吴光新、傅良佐、曲同丰都是日本陆军士官学校出来的，另外徐树铮的同学杨宇霆则是张作霖的参谋长，奉军中的日本海龟也有很多，说到底，除了飞机大炮，北洋时期的军阀们相互之间拼的还是人才储备。
除了海外的日本陆军士官学校，清末还有一个本土的军事人才孵化基地，就是保定陆军军官学校，比较有名的毕业生有山东的吴佩孚、湖南的唐生智、浙江的陈仪、广东的叶挺、广西的白崇禧、山西的傅作义等等，当然最有名的OB姓蒋。当时日本陆军士官学校的毕业生被称为洋派，保定军校出来的军官则被称为土派，北洋前期一直被洋派压制着，直到吴佩孚当权后在直系重用保定军校毕业的军官，土派们才得到发展壮大的机会，成为各地军头下面的实权人物。跟洋派相反，这帮土派军官们对老北洋没什么感情，而且个个都是白眼狼，北伐军打过来之后，他们纷纷站队炮党，反插老上级一刀。比如唐生智拱翻了自己的领导赵恒惕，还打得吴佩孚一路北逃；陈仪和白崇禧也是临阵倒戈赶走了各自的长官孙传芳和陆荣廷，成为一方诸侯。不过炮党也不会把这帮反水的二五仔当成自己人，有首歌唱得好：天大地大不如黄埔系大，爹亲娘亲不如委员长亲。
当然，比黄埔系还大、比委员长还亲的那个社团，才是最终笑到最后的人。
3/10更新
除了上面说过的三类军阀，民国时期在西北割据的马步芳、马步青、马鸿宾、马鸿逵也是一个独特的存在。
马氏祖上是西北的地头蛇。第一代是马占鳌、马海晏、马千龄这三个家族，先是挟众做乱，被招安后编入董福祥的甘军，从此成为西北的实力派。
传到第二代是马占鳌的儿子马安良、马海晏的儿子马麒马麟、马千龄的儿子马福禄马福祥，庚子拳乱时抵抗过八国联军，保护慈禧西逃；辛亥革命时又站队袁大头，保持马家势力在西北不倒。从这一代开始，清政府和北洋政府都打压强势的马占鳌家族，扶植更听话的马海晏、马千龄这两支。
到了第三代是马麒的儿子马步芳马步青占据青海，因此被称为青马；马福祥的侄子马鸿宾和儿子马鸿逵，地盘在宁夏，所以叫宁马。青马宁马也是站队高手，先跟着冯玉祥混，看老冯不行了，马上投靠老蒋，继续在西北称王称覇。
马安良的地盘在甘肃，被称为甘马，但在他死后，甘肃被民国第一搅屎棍冯玉祥霸占了，他的几个儿子有的被冯玉祥杀了，有的想联合青马抢回甘肃，也被冯玉祥打败了，这一支算是彻底淡出了西北。（此处感谢知友 @叶子的指正）