biostar handbook学习笔记（零）：当我们谈生信时，我们在谈论什么

这篇笔记发表于2017/10/14日。这是我第一次组织一个学习社群时的感想和记录。

曾经听过一个同学说，他的同学的一个导师虽然有钱，但是不愿意用高通量测序的方法进行基因定位，依旧采用人力设计标记，然后对群体基因分型的方式定位基因。问其原因，是不太相信高通量测序的结果，觉得生物信息学不靠谱，不如分子标记靠谱。

有这种想法的人肯定不少，想想也很有道理呢，电泳图怎么会骗人，实实在在的数据结果，不像生物信息学那样，摸不着看不到，太过虚幻。

或许这就是不理解什么叫做生物信息学吧，我想谈点我对生信，或许是我对任何一门技艺的理解：学习一门技艺其实就是让人更自由。

我问过一个学舞蹈的小伙伴：跳舞最开始是是不是自己先学一门特定的舞蹈，比如说爵士，然后模仿其技艺，在不断地练习中让人的肌肉，人的躯体能够根据自己的想法完成动作，也就是一种非常自由的境界。最后，你听到音乐的时候，就能根据自己的理解，用自己的躯体表现出音乐。

然后他说，“是的，跳舞最后都是用身体玩音乐。”

当然不只是跳舞，音乐家也是如此。要想成为顶级的大师，必须要先熟练掌握一门乐器，这样子可以开始锻炼自己的理解能力，自己的表达能力，最后随心所欲的根据自己的理解进行演奏

那么学习生信的目的是什么？我的理解是，能够自由地解决生物学问题。单一靠传统的实验能解决的问题已经不多了，你要知道一个基因的可能来源，你至少要学会到数据库进行搜索吧。你想知道基因之间的同源性，你是不是还需要对序列进行联配然后打分。如果你不相信生信，你甚至都不应该用计算机去查找数据库，而应该自己一眼一眼看过去。（当然，我开始怀疑你的注意力是不是一直那么集中）

生信就是让生物学家多了一门解决生物学的工具。

换句话说，无论是做实验，还是学习生信，最后的结果都是自己能够更加自由地解决问题。

而这就是研究生毕业之后应该拥有的能力，能够快速的理解问题，并且规模出解决问题的路径，最后解决问题。而不是仅仅会做实验，会跑几个生信流程而已。

下周计划

• 记录如何部署分析环境
• 学习基本的生物学概念
• 学习基本分析能力

关于biostar handbook

biostar handbook是一门面向初学者的书， 整理了biostars （类似stackflow, 讨论生信的地方）里面的提问，通过非常结构的方式进行展示。并且提供练习的数据，以及如何练习的过程。