RDKit | RDKit分子结构图的详细说明

        二维绘制结构式是人类了解分子形状和特性的第一步。

        RDKit中有多个绘制引擎，通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图，并说明SVG格式的绘制方法，该方法自2015.03更新起可用。可能有很多细节，但是了解幕后发生的事情通常会很有帮助。

 

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导入模块和载入数据

首先，导入必要的库和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。 

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG
print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)

rdkit version:  2020.03.1

suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011165056.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols)

200

 

如何绘制结构式