keaidelele
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pdb

how to makeblastdb

看这个网页
https://www.biostars.org/p/116885/
，你可看到这一行

makeblastdb -in  /pdbaa -dbtype prot

-dbtype 有两个参数，一个是prot表示蛋白质序列，另一个是nucl表示的是核酸。

biostars是类似于stackoverflow的网页，很多生物信息的问答在上面，非常好用。

我目前的命令行是：

blastp -query /home/huangle/data/1.fas -db /home/huangle/data/pdb/pdbaa  -evalue '1e-23' -outfmt 7 > /home/huangle/data/out-blastp.txt

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