R语言 Bioconductor包的安装指南
(2012-09-15 19:11:55)
http://r-china.org/forum.php?mod=viewthread&tid=58&extra=page=1
一：安装基本的Bioconductor组件
在BioC的官方网站上，存放着Bioc包的安装脚本，biocLite.R, 每次需要安装BioC的包之前，我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令，可以是本地文件，可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite()
biocLite()是安装函数，相当于R中的常用的install.package命令，如果不传递需要安装的包的名称，那么则安装如下的组建。 affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate, Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter, geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest, vsn, 和 xtable. 在下载和安装完成之后，会打印 “Installation complete” 和 TRUE.
同时biocLite()也有其他的参数，控制安装。
pkgs字符，指定需要安装的包
destdir文件系统路径
lib安装包的库
二：安装额外的包
除了一种所描述的默认安装的包之外，R和Bioc有非常多的其他的包供安装，bioc包的分类参见[color=rgb(26, 129, 194)]BiocViews， 假设我们需要安装一个名为EBImage的包
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)
可以同时安装多个包
biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))
三：升级安装的包Bioc的包尤其是那些开发版本的包，升级的非常频繁，如果需要同步更新的代码，需要升级。打开新的R。运行
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())
升级所有已经安装的包，运行
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)
请阅读update.packages的帮助文档，获得更多的信息。极少的情况下，需要重新编译bioc的包，为了兼容C或者Fortran, 一个方法就是输入并且运行
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)
这将重新安装所有目前的已安装包，大家需要注意，可能对带宽要求极高。一般不建议进行。