[R][bnlearn]高级的贝叶斯网络画图

用第三方包画图

一.工具：graphviz

下载页面提示说：这个包依赖于grid，graph，Rgraphviz，得先下载它们再下graphviz，grid好像是系统自带的，下后面两个就可以了

下载步骤：

a.打开R控制台：输入以下代码安装graph：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
    
BiocManager::install("graph")

b.输入以下代码安装Rgraphviz：

BiocManager::install("Rgraphviz")

c.手动下载gridGraphviz_0.3.tar.gz

我是手动下的，不知道直接install(“gridGraphviz”)行不行，你们可以试试
c1.来到R包的下载地址：
https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html#available-packages-G
c2：下载 gridGraphviz_0.3.tar.gz

c3:打开package面板，点击install按钮

c4：点击browse，找到下载的位置选择文件，再点击install

二.用法：

graphviz.plot(x, highlight = NULL, groups, layout = "dot",
  shape = "circle", main = NULL, sub = NULL, render = TRUE)

参数说明：

参数	解释
x	需要画的贝叶斯网络，需要传入bn类型或者bn.fit类型的
highlight	需要突出显示的东西，需要传入list类型的
groups	把一些节点作为一组，让他们靠近一点
layout	布局，有dot, neato, twopi, circo and fdp
shape	贝叶斯网络中的点的形状，有圆形，椭圆形，长方形
main	这个图的标题，显示在图正上方
sub	这个图的副标题，显示在图下方
render	x是否返回graph对象（会显示到plot面板），为True返回，False不返回，默认是TRUE

例子0：最朴素的效果

graphviz.plot(dag）

效果：

例子1：

graphviz.plot(dag, highlight = list(nodes =c("A","B"),# 需要突出显示的点
                                    arcs =c("A", "B","C", "D","F","E"),# 需要突出显示的边
                                    col = c("#6f88fc"),# 需要突出显示的点边缘和边的颜色
                                    textCol = c("yellow"),# 需要突出显示的点和边的标签颜色
                                    fill = c("#45e3ff"),# 需要突出显示的点的disease
                                    lwd = 5,# 需要突出显示的边的宽度
                                    lty = 3 # 需要突出显示的边的线条类型
                                    ),
              groups = list(c("A","B"),c("C","D"),c("E","F")),# 需要抱团的集合
              layout = "dot",# 布局
              shape ="rectangle")# 点的形状

效果：

例子2：

graphviz.plot(dag, highlight = list(nodes =c("A","B"),
                                    arcs =c("A", "B","C", "D","F","E"),
                                    col = c("#6f88fc"),
                                    textCol = c("yellow"),
                                    fill = c("#45e3ff"),
                                    lwd = 5,
                                    lty = 3
                                    ),
              groups = list(c("A","B"),c("C","D"),c("E","F")),
              layout = "dot",
              shape ="circle",
              main = "learning.test",# 标题
              sub = "bayes network", # 副标题
              render = TRUE # 是否返回对象，TRUE就完事了
              )

效果：

highlight详解

至少含有以下两种元素：

元素	功能	类型	示例
nodes（点）	让点突出显示	字符向量	highlight = list(nodes =c(A,B))
arcs（边）	让突出显示	字符向量，按照from，to，…from，to的顺序	highlight = list(arcs =c(“A”, “B”,“C”, “D”,“F”,“E”))

例如：

data("learning.test")
dag = model2network("[A][C][F][B|A][D|A:C][E|B:F]")
graphviz.plot(dag, highlight = list(nodes =c("A","B"),
                                    arcs =c("A", "B","C", "D","F","E") 
                                    ))

效果：

下面的元素是可选的：

元素	功能	类型	示例
col（颜色）	设置节点边缘和边的颜色，默认是red	字符串或者数字	col = c(“purple”)或者col = c("#6f88fc"),
textCol（文本颜色）	设置节点和边的标签颜色，默认是red	字符串或者数字	textCol = c(“yellow”)
fill（填充）	设置节点的底色	字符串或者数字	fill = c("#45e3ff")
lwd	设置边的宽度	字符串或者数字	lwd = 5
lty	设置边的线条种类	数字，0，1，2，3，4，5，6分别代表 空白， 实线, “虚线”, 点状线, “虚线点线结合”, 长点线 和双点线	lty = 3

例如：
list(nodes =c(“A”,“B”),# 需要突出显示的点
arcs =c(“A”, “B”,“C”, “D”,“F”,“E”),# 需要突出显示的边
col = c("#6f88fc"),# 需要突出显示的点边缘和边的颜色
textCol = c(“yellow”),# 需要突出显示的点和边的标签颜色
fill = c("#45e3ff"),# 需要突出显示的点的disease
lwd = 5,# 需要突出显示的边的宽度
lty = 3 # 需要突出显示的边的线条类型
)

graphviz.plot(dag, highlight = list(nodes =c("A","B"),# 需要突出显示的点
                                    arcs =c("A", "B","C", "D","F","E"),# 需要突出显示的边
                                    col = c("#6f88fc"),# 需要突出显示的点边缘和边的颜色
                                    textCol = c("yellow"),# 需要突出显示的点和边的标签颜色
                                    fill = c("#45e3ff"),# 需要突出显示的点的disease
                                    lwd = 5,# 需要突出显示的边的宽度
                                    lty = 3 # 需要突出显示的边的线条类型
                                    )
                                    ))

效果：

原文传递：

https://www.bnlearn.com/documentation/man/graphviz.plot.html