FSL之bet颅骨剥离

本篇主要介绍bet的用法，在此之前需要安装FSL软件，教程见FSL安装

颅骨剥离（bet）

在进行大脑MRI图像研究时，常常会专注某个区域，FSL的bet则是一个提取大脑的算法，当然某些其他软件也有这个功能。算法会去除脖子、眼球等不相干的图像。

一 、图形界面操作

开始实际操作，终端输出fsl启动软件界面如下

点击红框显示如下

参数解释
Fractional intensity threshold…:默认为0.5就可（你可以试试0.2和0.8的效果，会使剥离的大小变化）

bet算法通常就选这两个其中之一。一个标准算法，一个鲁棒算法

标准提取算法和鲁棒提取算法比较（很细微的差别，具体用哪个取决于自己）

高级选项：
1.Output brain-extracted image:默认勾上的，生成提取大脑后的图像（我们不用管）
2.Output binary brain mask image:提取脑部后还生成一个mask（生成两个文件，显示如下）

3.Apply thresholding tp brain and mask image:肉眼也看不出差别（不知道什么效果）

4.Output exterior skull surface image:不知道是个啥玩意，看下面吧

5.Output brain surface overlaid onto original image:生成两个图像，1.提取的脑部2.还生成一个在原始图像上勾画轮廓的图像（可用于检查）

以上就是各个参数勾选后的效果，但实际用到的不多

二、命令行操作

如果要批量提取大脑就需要使用命令行

liunx命令：bet AD_1.nii.gz AD_1_brain -o -R （终端输入bet可以查看更多参数应用）

AD_1.nii.gz:原始图像路径
AD_1_brain：为剥离后的图像路径（自己设置）
-o：表示额外生成AD_1_brain_overlay.nii.gz边界叠加在原图上,用于检查效果（如果不用检查也可以去掉这个参数）。
-R：应用鲁棒bet算法

会写shell脚本就可以使用上面的命令批量处理数据了