Ubuntu 18.04安装FreeSurfer软件

Ubuntu 18.04安装FreeSurfer软件

本文是在VM虚拟机里添加Ubuntu18.04并安装Freesurfer软件。以下是所有安装流程。

• 下载Freesurfer，该软件提供两种下载方式，一种是直接去官网下载.
  
  • 第二种就是在Ubuntu里使用命令下载：

  wget ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
  

• 将下载数据移动到/usr/local文件夹下：

sudo mv freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz /usr/local

• 进入文件夹并解压：

cd /usr/local
sudo tar xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

• 创建license文本：

sudo touch freesurfer/license.txt

• 去官网申请license，填写相关信息：
  
• 随后会收到一封邮件，附件包含一份license.txt文档，下载该文件，复制其中的内容
• 在Ubuntu中输入以下指令：

sudo su
cd /usr/local/freesurfer
gedit license.txt

• 随后会打开Ubuntu中的license文件，将复制的内容粘贴进去即可。
• 环境配置
  • 输入以下指令：

  sudo gedit  /etc/profile
  

  在打开文件的最后输入以下语句：
  export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
  • 输入以下指令：

  sudo gedit  /etc/bash.bashrc
  

  在打文件最后输入以下语句：
  export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
  source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
  • 保存，退出。
    
• 测试安装是否正确
  • 输入以下指令:

  cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz .
  mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz
  

  • 会打印出以下语句:

  reading from sample-001.mgz...
  TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
  i_ras = (-0, -1, -0)
  j_ras = (-0, 0, -1)
  k_ras = (-1, 0, 0)
  writing to sample-001.nii.gz...
  

  • 输入以下语句：

  cd $SUBJECTS_DIR
  

  • 再次输入：

   freeview -v \
   bert/mri/T1.mgz \
   bert/mri/wm.mgz \
   bert/mri/brainmask.mgz \
   bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
   -f \
   bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
   bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
   bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
   bert/surf/rh.pial:edgecolor=red
  

  • 出现以下界面：
    

  • 在之后每次打开终端，都会弹出几行代码，我们需要在终端进行环境变量配置：

  export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
  source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
  

至此，软件安装完成：）