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近期在做有关图像分割的技术调研,在Github上找到一个关于做肝脏自动分割的代码,代码的地址为:
https://github.com/mazoku/liver_segmentation。
文中通过采用GrowCut和Active Contour Model的算法实现了肝脏的完全自动分割。
在作者给出的代码中,需要加载的第三方库有:
matplotlib,
numpy,
scipy,
PyQt4,
scikit-image,
scikit-learn,
pydicom,
pyopencv.
在将作者的工程导入到PyCharm中时,工具提示有模块未安装。于是采用了Python自带的包管理器Pip进行这几个包的安装。依次应用指令:
pip install matplotlib, numpy, PyQt4后都成功安装了。但是在安装scipy和scikit-image时却提示出错:
“numpy.distutils.system_info.NotFoundError: no lapack/blas resources found.”
在网上找到了以前遇到过类似问题的前辈,以下是他们提供的解决方案的相关链接:
http://stackoverflow.com/questions/28190534/windows-scipy-install-no-lapack-blas-resources-found,
http://stackoverflow.com/questions/30753431/numpy-distutils-system-info-notfounderror-no-lapack-blas-resources-found。
http://www.scipy.org/scipylib/building/windows.html。
虽然回答还算详细,但是看到一大堆的英文就有点失去信心了。大致意思是说在Windows操作系统上,不像Mac或Linux下那样方便解决,需要自己去编译源码,编出lapack和blas的链接库,然后才能解决这个问题。
后来,我又看了几个中文版的解决方案。
最后,解决我遇到的这个问题的解决方案是来自以下链接的答案:
http://www.voidcn.com/blog/z6491679/article/p-5740396.html。
另外还有一个类似的回答的链接:
http://www.cnblogs.com/eastmount/p/5052871.html#3376247
最终,我并没有去编译源代码,而是将先前安装的numpy先通过:pip uninstall numpy。然后直接去Python提供的第三方包的列表库中查找到所需要的几个包:
在该地址下:http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/,
下图是该网站提供的Python第三方库的列表。
根据我本机安装的Python是2.7版,系统是x64的,选择下载了对应的whl文件:
(1)numpy-1.11.2+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl
(2)scipy-0.18.1-cp27-cp27m-win_amd64.whl
(3)scikit_image-0.12.3-cp27-cp27m-win_amd64.whl
然后,还是利用Python的包管理器pip,通过指定全路径的方式,依次安装这几个包。如:
pip install filepath/numpy-1.11.2+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl
filepath为这个文件的存放地址,假如为C:\downloads,
pip需要指定exe的路径:如C:\Python27\Scripts\pip.exe.
所以我本机的最后指令为:
C:\Python27\Scripts\pip.exe install C:\downloads\numpy-1.11.2+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl
注意:这里安装的顺序应该是先安装numpy+mkl,因为后面的scipy和scikit-image,scikit-learn等都是依赖于numpy+mkl这个库的。