RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

化学信息学中有许多网络结构化数据。例如分子，分子相似图和MMP等。

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件

基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图。

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py2cytoscape安装

pip install py2cytoscape

 

cyjupyter安装

pip install cyjupyter
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix cyjupyter

 

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

导入库

import os
import numpy as np
import igraph
from py2cytoscape import util
from cyjupyter import Cytoscape
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import DataStructs
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit import RDConfig
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

载入数据