Cytoscape——实例

本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图

Cytoscape所支持的数据格式：
1.*.sif格式：
  nodeAnodeB
  nodeCnodeD
  …
即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等，第二列是相互作用的名称
*.sif格式简单，容易处理，但它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。
2. xgmml格式，它是一种xml格式，可以规定节点和边的许多信息，但也更复杂。
3.*.txt格式：用tab分割的纯文本文件
可以将文件设置成两列，每一列都是基因名（或蛋白质名），同一行的两个基因（或者蛋白质等）代表有互作关系；也可以加其他参数放在第三列，例如两基因调控的强弱系数


本文以txt格式的数据进行演示绘制网络图
网络文件：net.txt：共表达网络；共四列，前两列是gene id，第三列是共表达类别（正1/负-1），第四列是相关系数，以tab键分隔
节点属性文件： 
步骤：
导入网络文件：file->import->network->file(net.txt)


其中不同标识代表着不同的含义

导入后

导入节点属性文件：file->import->table->file(node.txt)(此处为table而非network)
注：node.txt：节点属性文件。四列，包含三种属性；第一列为gene id，与网络文件中一致，第二列为gene name（symbol），第三列为分子类型（蛋白编码基因/lncRNA），第四列为节点在网络中的度。

上方红色方框中“Target Table Data”的信息表示将导入的节点属性表与之前的网络图相关联，其中“Network Collection”选择的是我们之前导入的网络文件，其他参数默认如下，可不用修改，如为其他选项，则需要通络下拉列表重新选择。
下方红色方框中“Preview”中：gene，name，molecular type，degree
第一列gene，设置为“Key”，保证gene id不重复，第二三四列均为属性“Attribute”，如需修改，同样点击名称右侧的三角形标志。
点击确定后，乍看感觉图形没有变化，但此时下方的Table Panel中已自动多出了molecular type，degree两列

可以通过style中进行简单网络图格式设置

得到网络图：

也可以自行拖拽进行微调
导出文件：数据的导出可以是网络文件，表格文件或者是图片文件，图片文件包括多种图片格式以及pdf格式，在工具栏中对应选择即可
点击菜单栏的图片导出*.pdf（同样可以采用export导出其它格式）

注：注意调整网络图后再保存，否则会出现网络图不完整

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