charmm学习历程2

最近几天setup已经成功了。说说mini、solvation和equilibrium

minimization是能量最小化,运行之后相比于之前H的坐标发生改变,达到能量最小的状态。但是我的经历总是那么不顺。mini之后我的首尾出问题了,原子之间夹在一起。

导师叫我改了一下inp:define heavy sele all .and. .not. ( bynu 1:28 .or. bynu 12547:12569 .or. resname TIP3 .or. hydrogen) end,bynu就是将残基不再受限,因此最后首尾两个残基就是好的了。

不知道我的问题出在哪里,但是解决了就好

solvation这一段比较机械,一般不会出问题,把自己底物上的一个原子设置成中心坐标(0,0,0)然后水就在其边缘形成一个圆球,droplet这个英文单词太形象了。
coordinate translate xdirection -108.573 ydirection 38.918 zdirection -155.551  

设置成相反数就好了。

生成的文件检查一遍,出来的PDB实在好看,艺术家的魅力。

solvation完成后改脚本inp,跑一遍equilibrium,我又出问题了,heat300K跑了一点就直接终止,我也不知道为啥,写的时候正在改inp,估计首位又得不固定。

charmm论坛上的一个博主rmv实在太棒,我问一个问题他基本全部都摸清楚了。我以后也要成为这样的人吧。加油。希望这次equilibrium成功。

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