charmm学习历程2

最近几天setup已经成功了。说说mini、solvation和equilibrium

minimization是能量最小化，运行之后相比于之前H的坐标发生改变，达到能量最小的状态。但是我的经历总是那么不顺。mini之后我的首尾出问题了，原子之间夹在一起。

导师叫我改了一下inp：define heavy sele all .and. .not. ( bynu 1:28 .or. bynu 12547:12569 .or. resname TIP3 .or. hydrogen) end，bynu就是将残基不再受限，因此最后首尾两个残基就是好的了。

不知道我的问题出在哪里，但是解决了就好

solvation这一段比较机械，一般不会出问题，把自己底物上的一个原子设置成中心坐标（0，0，0）然后水就在其边缘形成一个圆球，droplet这个英文单词太形象了。
coordinate translate xdirection -108.573 ydirection 38.918 zdirection -155.551  

设置成相反数就好了。

生成的文件检查一遍，出来的PDB实在好看，艺术家的魅力。

solvation完成后改脚本inp，跑一遍equilibrium，我又出问题了，heat300K跑了一点就直接终止，我也不知道为啥，写的时候正在改inp，估计首位又得不固定。

charmm论坛上的一个博主rmv实在太棒，我问一个问题他基本全部都摸清楚了。我以后也要成为这样的人吧。加油。希望这次equilibrium成功。