cytoscape windows&Linux下载方法

Linux下载

尝试过的办法：
1.从官网 link下载Linux版本
结果：网络错误
推测理由：可能是外网软件，无法下载

2.在linux中使用wget

wget https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/download/3.8.0/Cytoscape_3_8_0_unix.sh

结果：下载速度只有几十Kb/s

3.github上下载
https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/

git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape.git
cd cytoscape
./cy.sh init
cd cytoscape
mvn -fae install -U -Dmaven.test.skip=true
./gui-distribution/assembly/target/cytoscape/cytoscape.sh

GitHub中文件下载速度特别慢
需要借助油猴脚本link
中间可以碰到几次网络错误，点击继续下载就可以啦
整个过程大概会花费10分钟左右~
(。・∀・)ノ神速！

Linux安装

需要提前下载java

#判断系统上是否有java
JAVA --version
#若无
apt JAVA

#解压
tar -xvf cytoscape-unix-3.8.0.tar
#运行软件
cd cytoscape-unix-3.8.0
./cytoscape.sh

Windows下载

碰到的坑：
运行软件时报错
The JVM could not be started. The maximum heap size(-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution.
最开始，我以为没安装成功的原因是没有locate正确的JVM即JAVA环境
所以我到JAVA官网link下载了java.exe
再安装
报错信息一模一样！
我看了很多网上的教程，给出的解决办法如：
1.更换不同的软件版本
于是，我下了3.5，3.1，3.7的版本，还是不行
2.关闭杀毒软件
…这个方法没用
3.更新到最新版java更改软件配置文件Cytoscape.vmoptions
…这个方法没用
4.默认下载路径
更扯…

我冥冥之中觉得还是java.exe的问题

The install4j wizard could not find a Java™ Runtime Environment on your system. You can locate or download a suitable 64-bit JRE.(minimum version: 1.8.0_151, maximum version:1.9)

解决方法：
让它自己locate，让软件自己下载JAVA环境，虽然有点慢
大概需要1~2h不等
中间可能显示网络错误
恭喜你，又来重来
我大概是试了10来次，终于安装成功了

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总而言之，这个软件是真的坑，花了我大量的时间和经历

历经一整天的斗智斗勇，终于成功地在双端都安装上Cytoscape
实在是太麻烦了

我将3.7，3.8，3.5 版本的unix和win下的安装包上传到了百度云
有需要的可以直接下载
┏ (゜ω゜)=☞

链接：https://pan.baidu.com/s/1J_2pXCO5Ziqr3EYBFFuSnQ
提取码：19uc
复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦

总结：

• 每次在linux中下个软件或者包都要耗费特别多的时间，其实归根结底还是没有形成一套系统的思维体系，不知道该怎么去解决这类问腿，就只能百度一个个的去试
• 还有就是没有试着去看问题的本质，把大问题分解成一个个小问题。
• 多看官方文档（如果有的话), 虽然是英文，但是一定要耐着性子看下去，看似花费时间，其实会帮助你节省很多时间
• 少看经验贴，有些真的挺不靠谱