双阱工艺

       双阱工艺的目的主要是通过两种杂质注入使得可控掺杂浓度。从而达到分别调节NMOS和PMOS衬底掺杂浓度的目的。衬底掺杂浓度不同会影响器件很多性能，最主要的是MOS的阈值电压，阈值电压作为MOS器件的最关键参数，它的大小直接受衬底掺杂浓度的高低影响。这个你可以去查下半导体器件原理的书籍。Vth的公式就能知道了，即Qsd/Cox这一项。当然由于掺杂浓度引起的衬底费米能级变化而导致的功函数差的变化也是会影响阈值电压的，不过这个影响不如Qsd/Cox项大。
但阈值电压通常可以通过专门的沟道注入来调节，双阱工艺的主要目的是在于改善寄生器件的参数，使其尽量不工作。例如传统的单阱工艺的话，P衬底由于掺杂浓度低故而方块电阻较大，那么你会发现一旦MOS电流较大或者漏源电压较大的情况下latchup往往会比较容易发生，即使版图上做了保护环和一定的电位优化也不能避免这种情况的发生。而且大部分latchup的发生基本上都是由NPN寄生管触发的正反馈信号所导致。通过P阱掺杂增加PMOS衬底掺杂浓度，一方面降低PMOS衬底方块电阻，使得latchup不容易触发，另一方面又增大了NPN寄生管的基区掺杂，减小了NPN管的放大倍率，同样也对latchup起到了遏制作用。

     至于隔离和双阱工艺没有任何关系，楼主理解得有点混淆，CMOS工艺中隔离用的是绝缘介质隔离场氧化或者STI，PN结隔离是不用的。