用2台电脑做案例，手把手教你装好Anaconda, R, Rstudio, rpy2
Anaconda, R, Rstudio, rpy2
- 1. Anaconda下载安装
- 1.1 下载
- 1.2 安装
- 2. 添加清华镜像
- 3.为r配置新环境
- 4. 安装Rstudio
- 5. 安装rpy2
- 5.1 下载
- 5.2 安装
- 5.3 加系统变量
- 5.4 输入指令确认安装是否成功
- 5.5 多说几句rpy2的使用给大家参考
【写在前面】
工作需要，有时需要把一些远古代码的R和python混写，之前电脑里单独装过R/Python/sublime/Pycharm/vscode/Rstudio/Anaconda，每次换一个编译器环境整个乱了套。怒下决心探索出一套轻量的方便的开发环境。
这周分别给自己的电脑和公司的电脑重装了系统，重新走了一遍Anaconda,rpy2等等一系列各种魔鬼级报错的软件和包。因为当初不信邪，仗着自己是新系统，我把所有最“简单纯粹”的安装方法都试过了。这么说吧，出于对墨菲定律的尊敬，在这过程中可能/没可能遇到的报错，我都经历了一次（以至于我觉得自己系统又脏了想再重装）。最后选出的这个最优方案，可以优雅的一次搞定，十分lightweight, 在这里分享给大家。>v<
有一说一，这个教程应该是目前最最靠谱之一了。目前2020年4月1日，非常好用。
1. Anaconda下载安装
1.1 下载
清华镜像下载Anaconda
地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
我两个设备一个从官网，另一个从清华镜像分别下载。区别是：官网那个在后续安装的时候不会提出帮忙安装vscode，而且官网的下载速度很慢(一个我吃了午饭还没下好，另一个秒下)。其他并没有什么特别影响后续操作的区别。
1.2 安装
正常按指示安装，不过有几个地方需要注意下：
-
All users还是当前用户，这个根据需要选，电脑自己用的话可以All users
-
安装路径有几个需要注意的地方：①不要有中文和空格；②不要装在Program File里面，因为它有空格，以后有几个packages会安装不成功；③有的时候ProgramData这个文档会隐藏起来，所以如果之前ProgramData没有的话可以手动建一个，不然安完conda之后它藏起来了还得手动找；④改路径之后记得写Anaconda3，不然它就不给安
以我的两台电脑为例，安装路径分别是：
C:\ProgramData\Anaconda3
D:\ProgramData\Anaconda3 -
关于Add path这件事，有人说要加，有人说现在不加手动加，官方说加到system path里会带来后续的问题。我的建议是：如果你平时只用anaconda的环境的话，还是加上，如果有很多环境需求…那你肯定不用看这个教程了。
我的两台设备，一个是加的，一个是安装结束之后手动加的，都能正常用。手动加的话这样就可以（路径里带Anaconda的那5个）：
电脑1号↓
电脑2号↓
2. 添加清华镜像
打开anaconda prompt和清华镜像网站
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
Windows系统下先输入：
conda config --set show_channel_urls yes
我最后两台电脑添加的都是
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
另附几个小指令：
- 查看以添加好的channel：Conda config --show
- 删除：conda config --remove channels 某地址
- 添加：conda config --add channels 某地址
- Anaconda环境下JupterNotebook执行shell命令：在Jupter notebook里加！
3.为r配置新环境
我先说写这个位置我曾经用的做法：
电脑2号(装在C盘里那个)，我直接conda install r, 第一次网络不好没成功，第二次成功了；
电脑1号(装在D盘里那个)，我直接conda install r失败了显示executing transaction denied，于是我用管理员身份打开cmd输入conda install r成功了显示下图，但是！
后面再安装其他包的时候会报错：
于是我又上网差这个OPENSSL的解决问题，各种花式替换dll文件…反正能试的都试了最后还没解决。于是我把Anaconda卸载了又重装一次…这个原因好像是在安装r的时候，有几个包的python是3.7.1，而我的conda的python是3.7.0，所以文件之间相互替换出了问题。
最后采用的方案是：为r配置新环境，在新环境里安装r。操作过程如下，也不用管理员身份打开，直接在prompt里输入：
conda create -n 你取的虚拟环境名字
然后，conda install r,就不会报错了。做完之后记下R所在的位置，后面会用到。我的两个电脑R.dll路径分别是：
D:\ProgramData\Anaconda3\envs\with_rpy2\lib\R\bin\x64
C:\Anaconda3\Lib\R\bin\x64 （这个我没有为r配置虚拟环境所以没有envs）
安好后直接在conda prompt里输入r，没报错可以写r代码了就成功了。
4. 安装Rstudio
两个电脑我都用了Conda install rstudio，不过都没有成功。所以我决定直接在官网下RStudio。
RStudio安装的时候，会说它检测不到r，让你重新下载安装。这个时候不用重新下载r，它有三个选项，只需要选第三个自定义路径的那个，然后把路径指向（以电脑1号为例）D:\ProgramData\Anaconda3\envs\with_rpy2\lib\R就行，它会上这里面来找。然后下一步就可以使用Rstudio了。
5. 安装rpy2
真的，没有哪个包能像这个包一样对我造成如此深刻的心里阴影。所有，所有网友们遇到的报错我都遇到了。其实就两步，我说下现在主流的几种做法（不要轻易尝试）：
【下载与安装】
Conda install rpy2
Pip install rpy2
下载轮子，然后pip/conda 安装轮子
【配置R_HOME/R_USER】
…说路径指向哪儿的都有，我总结不过来了
好了，只要是上述的方法你们都不要看了，真的我都试过了。我的一个老系统/两台新装如此干净的系统，我用这些方法就没一次成功过。你们谁也向我这样绝望的话，来试试我的方法，一次成功。
5.1 下载
直接上这个网站，下载轮子
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2
5.2 安装
把这个轮子的whl后缀改成zip，直接解压。会发现里面有两个文件夹，一个叫rpy2,另一个叫rpy2-2.9.5.dist-info。把这两个解压好的文件直接复制粘贴到anaconda->Lib->site-packages这个文件夹下，像这样：
电脑1号↓
电脑2号↓
5.3 加系统变量
我是加的系统变量，因为我只有这一个R，路径如下：
R_HOME是我们刚刚安装的R的位置，不用指向R.dll
R_USER是rpy2刚刚放在的位置
以下是两台电脑的实例：
电脑1号↓
电脑2号↓
（电脑1号里面那个with_rpy2是我安装r的环境的名称，不要混淆啦。）
事实证明斜杠的方向没有影响，我之所以电脑2号换了一个斜杠是因为，当时看这个包的源代码的时候发现它要读取R_HOME的位置，用的是这个斜杠/，我以为当时配置不成功是因为斜杠方向的原因…
5.4 输入指令确认安装是否成功
这几件事做完了之后基本就成功了。然后接下来我们要输入三行指令：
Import rpy2
#为了看rpy2是否安装成功
Import rpy2.robjects as rob
#R_HOME和R_USER对没有，如果这一句报错的上一句没报错的话就不是安装的问题
from rpy2.robjects.packages import importr
#这句话决定刚刚安好的rpy2能不能成功调用r的代码
↑这个图就是R_HOME和R_USER没写对会报的错
↑这个图就是成功运行啦！
优雅！Elegant!
5.5 多说几句rpy2的使用给大家参考
- 我电脑里除了conda还有另一个r的时候，我把R_HOME指向的是我非conda那个r的路径，这时加载那个Importr会报错。原因是anaconda安装rpy2的时候会将R的库默认的指向一个library的位置，但这个位置不是非conda R的library的位置，所以在调取的时候改成非xonda r里那个包所在的位置就可以了。像这样：
- 2.有一个报错是Conversion ‘py2ri’ not defined for objects of type ‘
’
原因是往robjects里面传递变量的时候不能直接传pd.array,pd.Sereis和pd.DataFrame给R,要先用robjects.FloatVector把python array变成R的vector才能传进R.像这样：
(这里致谢下来自一号缸同学的帮助)
最后的最后，当你做完一切之后如果发现还不成功，有一个终极法宝：
【重启】
我就是安装到最后崩溃了，绝望之下重启了电脑，发现一切可以正常运行了…我的内心…
愿大家一切顺利！有问题留言！