后缀数组 - Suffix Array
记得 VFK 曾经说过：“NOI试机的时候，有很多选手都在照着书打后缀数组，因为不理解。”。
的确，后缀数组真的很容易忘记啊，明明以前搞得很清楚，过一阵子又忘记了，一忘记，又容易写错，一写错，考场上就没有办法了。所以简单的写一下核心内容，方便用时回忆。
简介
KMP 字符串匹配算法，它可以在 O(m + n)O(m+n) 的时间内完成对模版串的匹配。然而，对于多模版串的匹配，每一次都要预处理，十分不高效。这时有 AC 自动机的出现，虽然可以多模匹配，但每次匹配仍然要遍历整个字符串，对于很长很长的字符串，例如 DNA 信息，有上亿的数据，这时候每一次查询遍历就不太科学了。这时就要预处理文本串。
假设文本串为 banana，可以在其末尾加一个字符 $(代表一个没在串中出现过的字符)，稍后解释原因。把其所有后缀(banana$, anana$, nana$, ana$, na$, a$, $)，放进一棵 Trie 树。
有了这个后缀 Trie，查找一个长度为 mm 的模版时只需要进行一次普通的 Trie 查找，时间复杂度为 O(m)O(m)，如上图所示。
而在实际中，我们会把后缀 Trie 中没有分支的链合并在一起，得到所谓的后缀树（Suffix Tree），然而构造起来太麻烦，复杂难懂，而且容易写错，而它的后缀数组则是一个不错的替代品，它时间效率高，而且代码简单，不易写错。空间大概是后缀树的 \frac{1}{5}51 ~ \frac{1}{3}31。
或许你们已经注意到了，在绘制上面的后缀 Trie 的时候，我故意把每个节点的所有子节点排好序，字典序小的在左边（规定 $ 最小），然后在叶子节点上标上了后缀首字母的下标。例如后缀 ana$ 所对应的叶子节点标有 33，为了叙述方便，我们把以下标 kk 开头的后缀（包含$），叫做后缀 kk，记作 。
我们从左到右排列出所有叶子的编号，就可以得到后缀数组 (Suffix Array)，banana 的后缀数组为 ，它就是所有后缀按照字典序从小到大排序后的结果。
用后缀数组求解匹配
有了这个后缀数组，我们就可以通过二分搜索（利用后缀数组字典序的单调性）的方法，来在 O(m\log n)O(mlogn) 的时间内完成匹配。
int m, sa[maxn];
int cmp_suffix(const char *pattern, int p) {
return strncmp(pattern, str + sa[p], m);
}
//在 Suffix Array 数组的(lb, ub) 区间寻找字符串 pattern
void find(const char* pattern, int lb, int ub) {
m = strlen(pattern);
if(cmp_suffix(pattern, lb + 1) < 0) return; //如果当前最小的字典序都大于模版串的字典序，肯定无法匹配
if(cmp_suffix(pattern, ub - 1) > 0) return; //如果当前最大的字典序都小于模版串的字典序，肯定无法匹配
while(ub - lb > 1) {
int mid = (lb + ub) / 2;
int res = cmp_suffix(pattern, mid);
if(!res) {
printf("Match! Index:%d\n", sa[mid]);
find(pattern, lb, mid); //(lb, mid) 可能还有匹配
find(pattern, mid, ub); //(mid, ub) 可能还有匹配
return;
}
if(res < 0) ub = mid; //如果模版串的字典序比后缀 sa[mid] 小，那么解的范围变为 (lb, mid)
else lb = mid; //如果模版串的字典序比后缀 sa[mid] 小，那么解的范围变为 (mid, ub)
}
}
strncmp(s1, s2, size) 的意思是比较是比较 s_1, s_2s1,s2 的前 size 个字符，如果相同返回 0，如果不同，则返回第一个不同位置 kk的 s_1[k] - s_2[k]s1[k]−s2[k]。
计算 Suffix Array
提到 数组，就不得不说一说 数组。\mathrm{SA}[i]SA[i] 表示的是字典序排名为 ii 的后缀是谁（字典序越小的排名越靠前）。而 \mathrm{rank}[i]rank[i] 表示的是后缀 ii 所对应的排名是多少。事实上，它们是反函数的关系，即 \mathrm{SA}[\mathrm{rank}[i]] = iSA[rank[i]]=i。
特别注意，字符串的长度是原串的长度 +1，因为有 $ 这个字符，而在实现的时候我们就用 0 来表示 $，显然这个后缀 $ 排名最靠前。
朴素的排序
那么如何计算 数组呢？根据定义，我们可以通过一次快速排序得到后缀数组，比较次数 O(n\log n)O(nlogn)，单次比较时间 O(n)O(n)，总体 O(n^2\log n)O(n2logn)，时间复杂度太高，难以承受。
不用担心后缀长度不一致的比较问题，因为有 $ 字典序最小，所以总能在不越界的情况下完成比较。
不过这方法几乎不用，非常慢，但是在没有时间的时候还是可以 rush 一发拿点暴力分，毕竟可以音速实现。
倍增思想
下面介绍一种 Manber 和 Myers 发明的倍增算法，它的时间复杂度是 O(n\log n)O(nlogn)。
static const int maxNode = 100000 + 3;
int sa[maxNode], rank[maxNode], n;
char str[maxNode];
void buildSA(int m) {
static int cnt[maxNode], tmpSA[maxNode], rank1[maxNode], rank2[maxNode];
n = strlen(str) + 1; str[n] = 0; //结尾的 $
fill(cnt, cnt + m, 0);
for (int i = 0; i < n; ++i) cnt[(int)str[i]]++;
for (int i = 1; i < m; ++i) cnt[i] += cnt[i - 1];
for (int i = 0; i < n; ++i) rank[i] = cnt[(int)str[i]] - 1;
for (int l = 1; l < n; l <<= 1) {
for (int i = 0; i < n; ++i)
rank1[i] = rank[i], rank2[i] = i + l < n ? rank1[i + l] : 0;
fill(cnt, cnt + n, 0);
for (int i = 0; i < n; ++i) cnt[rank2[i]]++;
for (int i = 1; i < n; ++i) cnt[i] += cnt[i - 1];
for (int i = n - 1; i >= 0; --i) tmpSA[--cnt[rank2[i]]] = i;
fill(cnt, cnt + n, 0);
for (int i = 0; i < n; ++i) cnt[rank1[i]]++;
for (int i = 1; i < n; ++i) cnt[i] += cnt[i - 1];
for (int i = n - 1; i >= 0; --i) sa[--cnt[rank1[tmpSA[i]]]] = tmpSA[i];
bool unique = true;
rank[sa[0]] = 0;
for (int i = 1; i < n; ++i) {
rank[sa[i]] = rank[sa[i - 1]];
if (rank1[sa[i]] == rank1[sa[i - 1]] && rank2[sa[i]] == rank2[sa[i - 1]]) unique = false;
else rank[sa[i]]++;
}
if (unique) break;
}
}
具体我不细讲，因为这文章只是用来回顾的。
一开始直接利用字符来计算初始的 ，接着开始倍增，以 为第一关键字，也就是对于一个后缀的起点，前 ll 个字符的排名， 为第二关键字，也就是后 ll 个字符的排名，特别注意一旦越界，直接给 00。
如何体现第二关键字的作用呢？先计算出 ，字典序越是小的越排在 的前面，用这句话巧妙地实现（注意倒序循环）：for (int i = n - 1; i >= 0; --i) tmpSA[--cnt[rank2[i]]] = i;
再根据第一关键字排序的时候，就利用 的顺序来排序，我们也是要字典序越是小的越排在 的前面，同样这样实现：for (int i = n - 1; i >= 0; --i) sa[--cnt[rank1[tmpSA[i]]]] = tmpSA[i];
由于 是大到小的，同一个位置越先访问，领取到的排名越靠后。为了保证相同的 下，越靠前的后缀越小，所以我们倒序循环，这也是两次倒序循环的原因。
后面没什么好说的了，注意在 互不相同的时候跳出是一个不错的优化。
DC3 什么的，还是算了吧。巨大的常数。
计算 Height
高度数组： 是一个一维数组，保存了在后缀数组中相邻两个后缀的最长公共前缀（Longest Common Prefix，LCP）长度。
即 表示存在的最大的 xx，满足对于任何 k\in [0,x)k∈[0,x)，有 。
除了朴素比较外，可以 O(n)O(n) 求解，代码如下：
void getHeight() {
int k = 0;
for (int i = 0; i < n - 1; ++i) {
if (k) --k;
int j = sa[rank[i] - 1];
while (str[i + k] == str[j + k]) k++;
height[rank[i]] = k;
}
}原理是按照 ，也就根据原串的顺序计算。整个求解的核心是这样一个不等式：如果设 h[i] = \mathrm{height}[\mathrm{rank}[i]]h[i]=height[rank[i]] 的话，一定有 h[i] \ge h[i - 1] - 1h[i]≥h[i−1]−1，下面来证明一下：
如果设 \mathrm{Suffix(i - 1)}Suffix(i−1) 的在后缀数组中的前一个是 \mathrm{Suffix(\mathrm{SA}[\mathrm{rank}[i - 1] - 1])} = \mathrm{Suffix(k)}Suffix(SA[rank[i−1]−1])=Suffix(k)，那么我们已经求出它们的最长公共前缀是 h[i - 1]h[i−1]，考虑去掉它们的头一位，得到前缀 \mathrm{Suffix(i)}Suffix(i) 与 \mathrm{Suffix(k + 1)}Suffix(k+1)，显然它们的最长公共前缀 h[i - 1] - 1h[i−1]−1，而 \mathrm{Suffix(i)}Suffix(i) 的在后缀数组中的前一个是 \mathrm{Suffix(\mathrm{SA}[\mathrm{rank}[i] - 1])} = \mathrm{Suffix(p)}Suffix(SA[rank[i]−1])=Suffix(p)，是与 \mathrm{Suffix}(i)Suffix(i) 字典序最为接近的一个（因为 \mathrm{Suffix(k + 1)}Suffix(k+1) 在 中必定比 \mathrm{Suffix(i)}Suffix(i) 靠前，而 \mathrm{Suffix(p)}Suffix(p) 就是 \mathrm{Suffix(i)}Suffix(i) 之前一个），\mathrm{Suffix(i)}Suffix(i) 与 \mathrm{Suffix(k + 1)}Suffix(k+1) 的最长公共前缀不可能大于 \mathrm{Suffix(i)}Suffix(i) 与 \mathrm{Suffix(p)}Suffix(p) 的最长公共前缀的，所以它们的最长公共前缀至少是 h[i] \ge h[i - 1] - 1h[i]≥h[i−1]−1。
这样做，就不用从头比较了。
求解 LCP
依照刚刚的理论，对于 \mathrm{Suffix}(i)Suffix(i)，只有可能与其在 中相邻的元素有最长的最长公共前缀，如果要求 \mathrm{Suffix}(i)Suffix(i) 与 \mathrm{Suffix}(j)Suffix(j) 的最长公共前缀，且 \mathrm{rank}[i] < \mathrm{rank}[j]rank[i]
还有单次匹配 O(m + \log n)O(m+logn) 的算法以及一些常用技巧，等我碰到了题再补吧~
鸣谢 Menci 的 SuffixArray 讲解，部分懒得打直接搬过来了。
来源：https://blog.sengxian.com/algorithms/suffix-array