ChIP-seq文献分享（二）：乙烯诱导的组蛋白H3乙酰化对拟南芥基因表达的影响

原文来源：Wang, Likai, et al. "Ethylene induces combinatorial effects of histone H3 acetylation in gene expression in Arabidopsis." BMC genomics 18.1 (2017): 538.
这篇文章很多数据来源于之前发表的一篇高分文章：Zhang, Fan, et al. "EIN2-dependent regulation of acetylation of histone H3K14 and non-canonical histone H3K23 in ethylene signalling." Nature communications 7 (2016): 13018. 从重复利用已发表数据这一点来讲，也很值得学习。

1 摘要

1.1 背景

研究者发现乙烯可以诱导拟南芥黄化苗发生组蛋白修饰H3K14Ac和H3K23Ac，同时伴随一些基因的活化。为了评估在乙烯刺激之后H3K9, H3K14, and H3K23乙酰化的作用，研究者使用了野生型（Col-0）和乙烯反应突变体（ein2-5）的幼苗，探究了乙烯是如何影响乙酰化的，以及比较了相关基因的表达量。

关于乙烯反应突变体，科学网的几篇博客有详细介绍：乙烯信号简史

1.2 结果

H3K9Ac，H3K14Ac和H3K23Ac优先在转录起始位点富集，并且与基因表达水平呈正相关。PS: 还根据两个变量（野生型与突变体、有无乙烯处理）做了横纵对比得到了一些结果。

1.3 结论

乙烯诱导H3K9Ac，K14Ac和K23Ac组蛋白乙酰化形成了组合效应，并在基因组范围对基因表达产生影响。此外，对于一组乙烯调节的基因，在没有乙烯的情况下，H3K9Ac的水平和分布能够作为区分上调和下调基因的标记；在乙烯存在的情况下，H3K14Ac和H3K23Ac的水平和分布的变化是基因表达水平改变所必需的。

2 方法

2.1 Plant growth conditions

2.2 Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays

染色质免疫沉淀实验：Antibody H3K9Ac (Millipore; 07-352, 1:3000 dilution), anti-H3K14Ac (Millipore; 07-353, 1:2000 dilution), antiH3K23Ac (Millipore; 07-355, 1:3000 dilution)。还做了ChIP-qPCR，目的应该是想研究基因或基因组中一段序列是否受到组蛋白修饰的调控（这种方法的局限性：易出现假阳性结果；通量低）。

2.3 ChIP-seq

IgG作为阴性对照

2.4 ChIP-seq data analysis

数据获取：GSE77396 and GSE93875

根据自己的理解整理的流程

2.5 RNA-seq data analysis

2.6 Real-time PCR

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未完，后面再补充详细的结果部分。分析部分见：https://www.jianshu.com/p/78571f87bef9