Gephi教程———数据输入

Gephi教程———数据输入

在上一篇文章中，我们主要介绍了Gephi整个界面的布局以及Gephi中对于图形的一些基本操作和基本设置。在接下来的内容中，我们将重点如何利用数据在Gephi中生成可视化图。

1 Gephi中的图形存储

在这一小节，我们来关注Gephi对于图形数据的存储问题。首先，为了便于展示，先给出一个基本的图形：

如上所示，我们给出了三个点的表示，这是一个简单的有向图。

1.1 图形输出的基本格式

当我们选择将图形输出，保存到文件的时候，文件的类型可以有很多的选择，首先，最基本的是输出成.gephi类型的文件。这是gephi独有的文件类型。但是为了在其他的软件中查看，gephi也可以选择输出成其他类型的文件。具体如下：

可以看出，Gephi可以输出成PDF，图片，CSV等形式。这里需要注意的是，.gephi类型的文件不是通过明文存储的，也就是无法通过.gephi作为存储的格式，但是Gephi给出了.gexf作为明文存储格式。为了更好理解这种专属的存储格式，我们下面给出关于上面图形的gexf文件描述：

这里我选择使用的是记事本打开，这里可以看到，之间保存所以的节点信息之间保存的是关于一个节点的描述，这些描述包括节点的大小，位置，颜色等等。之间保存的所有的边的信息，中保存的边的id，头尾节点等信息。如果各位读者之前对于HTML有一些了解的话，想必对于这个部分的理解并不困难。

最后，我们在来回顾一下，在数据资料界面的数据描述：

可以看到，数据资料界面没有将一个图形文件中的所有数据展示，在节点展示中，只展示了ID，Label，Interval三个选项，在边的展示中，只展示了头尾节点，类型，边的ID，Label，Interval，Weight等选项。

1.2 通过数据资料来增减边和节点

初始的时候，我们新建一个新的工作区，此时没有节点，也没有边，如下图所示：

在界面中，可以通过添加节点和边的信息来构建图中的节点和边：

通过节点和边的添加，我们就构造出来相关的原始数据和相关图形。

1.3 通过外部数据来构建图形

出了我们自己在界面中自己定义节点和边，我们也可以通过CSV文件等文件形式从外部数据中获取边和节点。在Gephi中，支持以CSV的文件格式来获取节点的数据和边的数据。根据CSV文件的输入，Gephi可以定义出任意的图的形状和描述。

我们使用CSV文件分别保存节点数据和边的数据的时候，与其他的保存方式在保存内容上有了进一步的扩展，在CSV文件中，除了保存节点和边等等基本信息，还可以保存更多的节点和边的其他的属性，例如节点的度，节点和边的别名、节点和边的动态信息等等。同时需要注意的时候，CSV文件中保存的是节点和边的相关信息，没有保存Gephi的全局信息。

首先，我将之前定义的图形输出为CSV文件类型。

在保存的时候，我们可以通过选项按钮来确定需要保存的内容。

这是我们在CSV文件中保存的内容。分别为ID，Label 和节点的动态属性，这种动态属性可以理解为节点的声明周期。

与此相对应的是，我们可以将CSV文件作为扩展数据进行输入。

在文件区选择导入电子表格的选项之后，就可以完成类似上述的导入过程。在导入的时候会选择导入的内容，可以根据自己的需要进行导入。

通过上图，我们可以看到，能够导入的数据可以是节点数据，也可以边数据或者其他数据。·同理，导出的时候，也可以将边的数据进行导出，过程和节点类似，这里不再赘述了。

1.4 随机图和动态数据

在Gephi中，支持随机图的生成。具体过程是先生成一些节点表示，在通过每两个节点之间以一定的概率来生成边，这个生成的概率是我们实现设置好的。

在设置概率的时候，概率值最大为1，这样保证了图中任意两个点之间都存在一个边的结构。

在上展示选项中，我们也可以选择生成动态图。这样会生成一个50个节点的动态图结构，其数据资料也会生成动态数据

在上述数据中的TimeStep列中，其包含的是多个年份的数字，这种数据可以理解为对于某一个节点i而言，它出现在年份为
在年份序列中，将只有在几个年份点会出现，而在其他年份时，节点i就不会出现。

2 参考

1. 网络数据可视化与分析利器 Gephi中文教程