Linux 下bsub命令

一、bsub

bsub，提交给lsf作业的命令。

命令格式
       bsub  [options]   command   [argument]

       bsub   -pack  job_submission_file

 

-q    选择队列

-i     指定输入文件  

-I      交互模式，此时终端不能输入

-o     指定输出文件，作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中。

-e     指定输出文件，作业提交后标准错误输出的信息会保存到这个文件中。

-n     指定作业需要的CPU核

-J     作业的名字

-w  ‘dependecy_expression’  , 提交作业前，指定操作。

              操作有： done  

                             ended， 如 –e “ended(aaaa*)” ， 表示作业名中有aaaa的作业，完成之后才可以提交作业

                             exit

-W    限定作业运行时间

-K     提交作业，并且等待作业完成。当提交作业后，终端打印“waiting for dispath”。当作业完成后，终端打印“job is finished”。作业没有完成，不能提交新的作业。

 

%J，可表示作业号

       LSF(load sharing facility)是分布资源管理的工具，用来调度、监视、分析联网计算机的负载。

目的：

       通过集中监控和调用，充分共享计算机的CPU、内存、磁盘、license等资源

 

       一组安装了LSF软件的计算机组成了一个cluster。cluster内的资源统一监控和调度。

       server host：cluster内提交和执行job的计算机

       client host：cluster内仅仅提交job的计算机

JOB

–提交给LSF的命令

-LSF负责调度、控制、跟踪job

 

命令

l  bjobs ：查看系统的job

l  bsub：提交作业

l  bhist：查看作业历史

l  bkill： kill一个作业

 

bqueues命令，可以查看队列情况

参数	解释
QUEUE_NAME	队列的名字
PRIO	队列的优先级，数字越大，优先级越高
STATUS	状态 Open:Active :  表示已激活，可使用 Closed:Active： 表示已关闭，不可使用
MAX	队列对应的最大CPU核数 l  表示无限
JL/U	单个用户同时可以使用的CPU核数
NJOBS	排队、运行和被挂起的总作业所占CPU核数
PEND	排队中的作用所需CPU核数
RUN	运行中的作业所占CPU核数
SUSP	被挂起的作业所占CPU核数

 

bsub提交的作业，有一个JOBID和JOB_NAME。JOBID不可设置，JOB_NAME可以设置。

bsub命令的 –J 参数，可以指定 JOB_NAME。

二、例子

       一个c程序，如下所示：

       编译生成a.out可执行文件，然后将该文件通过bsub提交，执行。

 

       通过busb命令，将该a.out可执行文件，提交8次作业。-J参数，执行作业的名字。-o参数指定lsf执行该可执行文件的输出，保存到指定文件。

       最后要等待这些作业完成，通过以下bsub命令。

              bsub –I –w “ended(aaaaaaaaaa*)”  echo “a.out finished”

       提交一个作业，只是打印信息：

l  -I参数，表示和终端交互，后续提交的任务要等这个任务完成后，才可以提交

l  -w ”ended..” 指定该作业要等作业名中有aaaaaaaa的作业都完成后，才可以提交。

       执行这些命令的打印信息。每个任务有一个JOB_ID。

       执行的过程中，通过bjobs 命令，可以查看作业情况。对于最后一个任务，状态是PEND的，因此要等之前的任务都完成之后，才可以执行。