1.         假定 Windows CE.NET 目标工程目录为 D:\WINCE420\PUBLIC\MyWinCE ，并且工程已经 Build 成功，假定 Windows CE.NET 的应用程序为 MyApp.exe ；
2.         将 MyApp.exe 复制到 D:\WINCE420\PUBLIC\MyWinCE\ SAMSUNG_SMDK2410_ARMV4Release 目录下；
3.         修改 MyWinCE 工程的 project.bib 文件，在 FILES Section 添加如下内容：
MyApp.exe $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe NK H
4.         创建快捷方式文件 MyApp.lnk ，文件内容如下：
10#\Windows\MyApp.exe
MyApp.lnk 文件也放入 D:\WINCE420\PUBLIC\MyWinCE\ SAMSUNG_SMDK2410_ARMV4Release 目录下；
5.         修改 MyWinCE 工程的 project.bib 文件，在 FILES Section 添加如下内容：
MyApp.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk NK H
6.         修改 MyWinCE 工程的 project.dat 文件，添加如下内容：
Directory("\Windows\Startup"):-File("MyApp.lnk","\Windows\MyApp.lnk")
7.         修改 MyWinCE 工程的 platform.bib 文件，在 FILES Section 添加如下内容：
MyApp.exe                 $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe                                 NK         H
MyApp.lnk                 $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk                                 NK         H
8.         Platform Builder IDE ：【 Build 】 -> 【 Make Image 】（记得千万不要 Build 或者 Rebuild ）
9.         成功后，得到的 NK.bin （或 NK.nb0 ）就包含了应用程序 MyApp.exe 和 MyApp.lnk ，当把相应的内核烧入开发板 MyApp 程序就会在系统启动时自动运行。
      虽然MyApp可以自己启动了，但每次启动的时候，总是微软的桌面先出来，再启动我们的程序，感觉还是不伦不类。 对此，我们可以使用 startup 的快捷方式再加上隐藏任务栏的方法，效果非常的好，具体操作是： 1)         首先新建工程，把你的应用程序放到内核里面去（前面介绍了如何做）；
2)         编译平台；
3)         修改 shell.reg 的文件：在文件中有这样一行：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00
 把这个 explorer.exe 改成你的应用程序（比如： MyApp.exe ）就可以了；
4)         Platform Builder IDE ：【 Build 】 -> 【 Make Image 】（记得千万不要 Build 或者 Rebuild ）
5)         成功后，得到的 NK.bin （或 NK.nb0 ）就包含了应用程序 MyApp.exe 和 MyApp.lnk ，当把相应的内核烧入开发板 MyApp 程序就会在系统启动时自动运行。


 增加一篇参考文章:
其实让一个程序在wince里启动和windows里差不多，直接设置其为启动项，这个有几个方法。一个就是制作一个快捷方式，指向我们的应用程序如app.exe，然后将快捷方式放到\windows\startup下面。
     步骤如下：（假设app.exe已经拷贝到windows下面）
     1 在pb中创建一个文件，文件类型选txt，然后命名为.lnk后缀，假设名字为test.lnk
     2 编辑其内容为: 16#\windows\app.exe。备注：前面的16是# 后面所有字符的总和，包括空格。Wince的帮助文档上说这么定义就行，但是我尝试后，最后down到目标机上面时提示找不到文件，在wince里查看这么创建的test.lnk的属性，发现其指向\windows\app.exe后面还有两个方框，因此不对，我的解决方法是修改test.lnk的内容为16#"\Windows\app.exe"
     3 编辑好lnk文件内容后在pb中修改project.bib。在files段后面添加下面一行：(和添加别的文件到p_w_picpath中类似，见我的《WinCE中如何向p_w_picpath中添加文件》，也要在pb的flatform菜单的setting下添加build语句，不再赘述)
         test.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\test.lnk NK S
     在project.dat中增加下面一行：
          Directory("\Windows\startup"):-File("test.lnk","\Windows\test.lnk")
     这样后系统启动后就会自动启动我们的程序了。
    
     另外一种方法是编辑注册表：在project.reg中添加如下内容
         [HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
         "Launch80"="app.exe"
         "Depend80"=hex:14,00,1e,00
     这个是设定启动顺序，launch后面的数字越大的越是后启动，Depend80后面的指定依赖项，为16进制，上面的语句表明依赖项为launch20定义的device.exe和launch30中定义的gwes.exe， 注意Launch后面的数字范围为0到99 ，此范围之外的将不会有效果。
     这样两种方法的效果都是系统都是系统先启动资源管理器explorer.exe（就是看到的默认桌面），然后启动我们的程序，（如果利用taskman shell然后去掉任务栏那么效果更好）但是这样还不够，我们如何不显示桌面，直接显示我们的程序呢？
     网上有人介绍的方法是去掉standard shell，但是我编译总是报错。我采用的方法是替换注册表中lauch50中的explorer.exe为我的app.exe，即搞定。
     修改注册表的方法：先把带KITL的系统跑起来，在PB的TOOLS->Remote registry editor里修改,验证有效后,再去修改platfrom.reg, 或者自己写个REG文件，然后在platform.reg里INCLUDE进来 SYSGEN后确认PBWORKSPACE里相关项目的REL目录里reginit.ini文件里包含了自己做的修改后make p_w_picpath然后DOWNLOAD下去就OK了。
     值得补充的是，我们前面介绍的步骤中那个修改平台setting，添加语句的，是因为我每次都是重新sysgen和build，如果只是简单的make p_w_picpath的话（都是pb中的build OS菜单下的命令），那么将直接用release中的内容，因此也可以直接将文件放到release文件夹，然后改project.bib等实现往p_w_picpath中添加文件。 同样，也可以直接修改release中的shell.reg中的launch50值为我们自己的程序（或者类似修改reginit.ini文件，reginit.ini文件存放有所有wince的静态注册表，来达到去掉桌面，直接启动我们程序的效果）。
注意，这么启动的程序，如果点击关闭，就会死机的，因为没有窗口运行了。实际运用中，当然不会让用户关闭我们的程序，除非他一起关闭系统。
如果也需要build的话，可以通过往p_w_picpath中添加文件的方法将我们改好的shell.reg添加到release目录。