Bioperl的安装（一）

bioperl就是相当于一个大柜子，里面有各种关于生物信息分析的perl脚本，功能非常强大。但是由于不是一个安装包，可以一键安装，所以安装的过程有点点麻烦。作为一个专注于生物信息分析的人士，有必要下一个这个东西来摆摆谱。

    检验是否安装了bioperl的两种方法：

    1，在终端。输入以下命令：perldoc Bio::SeqIO或 perldoc Bio::SearchIO

    2，运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了

    

网上有这样的几种安装方法：

1  sudo apt-get install bioperl （ubuntu里貌似有源）

       

2 用CPAN

              perl -MCPAN -e shell

           cpan>d /bioperl/

           cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz （选择其中的一个）

           或者是cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz（force强制安装，不会报错）  

     接下来就是会出现一些选择。基本上我都是选Y[yes]，或A[all]。搞不错啥意思~最后安装好了测试一  下。如运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了

这两种方法我都没有成功

    还有一点我要说一下，用cpan安装的是buddle-bioperl，只是bioperl常用的部分。完整的bioperl还是需要去官网上下载

    同时如果所有的方法都不行的话，你还可以用cpan对要用到的模块进行单独的安装，

   1、确定cpan能用。

>perl -MCPAN -e shell

cpan>install Bundle::CPAN

cpan>q

2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。

>cpan

cpan>install Module::Build

cpan>o conf prefer_installer MB

cpan>o conf commit

cpan>q

3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。

cpan>install Bio::SeqIO

4、安装SeqFeature模块（序列特征信息的获取或解析）。

cpan>install Bio::SeqFeature

5、安装GenBank模块

cpan>install Bio::GenBank

6、安装AlignIO和AlignI模块（数据格式格式转换）。

cpan>install Bio::AlignIO

cpan>install Bio::AlignI

7、安装DNAstatistics模块（序列统计分析，进化距离计算）。

cpan>install Bio::DNAstatistics

 

3下载最新的版本来安装

    前准备：

    首先确保你是安装了perl,且版本在5。8以上，通过perl -version可以查看

1>确定cpan能用

>perl -MCPAN -e shell

cpan>install Bundle::CPAN

cpan>q

2>升级cpan，保证安装的模块是最新的.同时module::build是辅助模块，它的安装依赖于其他模块，所以先安装这些模块    

>cpan

cpan>install Module::Build

cpan>o conf prefer_installer MB

cpan>o conf commit

cpan>q

3>下载最新版本的bioperl

下载地址： http://www.bioperl.org/wiki/Getting_BioPerl（我选择的是1.6版）

>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz

>cd BioPerl-1.6.0

>perl Build.PL

>./Build test

>./Build install

因为安装的过程中发现我没有权限

所以只有

>cd BioPerl-1.6.0

>perl Build.PL  --install_base /sam/bioperl

>./Build test

>./Build install

最后呢

我还修改一下bioperl模块下载地址

1>先安装local::lib模块

在cpan上搜索，下载，解压缩

cd ../locallib

perl Makefile.PL

make install

2>修改cpan下载地址

cpan

cpan > o conf makepl-arg INSTALL_BASE=/sam/boperl/biolib/lib/perl5

     >o conf mbuil-arg "--insatll_base /sam/biopel/lib/perl5"

     >o conf commit

    

参考网页：

    柳城博客 http://liucheng.name/765/

    生物信息博客  http://bioinformation.cn/?tag=bioperl安装

    官网： http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl

    《perl语言入门》

ps:

1,安装过程中，最大的问题就是权限问题，因为cpan工具默认把模块安装到与perl解析器相同的目录，但你可能没有往这个系统写文件的权限，所以导致有的时候安装不上。 

2,这么下来，我再用上面提到的两种方法一检验，我自己都不知道我的是否安装上，有待以后的考证。