在上一篇文章中我们使用最邻近算法knn实现医学中乳腺癌的判别,本文继续探讨分类算法,该算法是朴素贝叶斯分类算法,它有着非常多的优点,具体表现在简单、快速、有效,对噪声数据和缺失数据不敏感,而且还可以得到分类结果的概率值。
算法思想
该算法根据训练数据集的取值计算已知分类的各种概率,在完成学习的过程后,如果将一个未分类的样本带入到算法中,分类器根据样本的特征计算概率并将其判为应该属于的类。
贝叶斯条件概率
上文中提到的概率都是基于贝叶斯条件概率公式计算所得,具体公式如下:
该公式表示,已知事件B发生的条件下,事件A发生的概率。举个例子说,已知某人吸烟的情况下,其可能得肺癌的概率就可以根据该公式计算所得。
这里需要注意的是,贝叶斯条件概率计算的是某事件发生的概率,所以对原始数据有一个潜在的假设,即变量值尽可能的离散化(成为独立的事件),如果变量值是大量的连续数据,算法可能得到不理想的分类结果。
应用--垃圾短信识别
接下来将使用该算法实现垃圾短信的识别,垃圾短信的识别又将涉及到文本文字的处理,数据来源于http://www.dt.fee.unicamp.br/~tiago/smsspamcollection/。
一、读取数据
sms_rawdata <- read.csv(file = file.choose(), header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)
#查看数据前6行
head(sms_rawdata)
str(sms_rawdata)
sms_rawdata$type <- factor(sms_rawdata$type)
#查看短信类型的数量
table(sms_rawdata$type)
prop.table(table(sms_rawdata$type))
二、文本处理
在文本分析之前需要使用tm包将文本处理干净,主要是文本信息中含有的一些没有意义的内容,如标点符号、数字、停止词等。
#下载并加载tm包
if(!suppressWarnings(require('tm'))){
install.packages('tm')
require('tm')
}
#首先将文本数据导入为语料库(Corpus函数)
sms_corpus <- Corpus(VectorSource(sms_rawdata$text))
#查看语料库
sms_corpus
使用tm_map函数将没有意义的信息剔除
#所有单词转化为小写
sms_clean <- tm_map(sms_corpus,content_transformer(tolower))
#剔除所有标点符号
sms_clean <- tm_map(sms_clean,removePunctuation)
#剔除所有数字
sms_clean <- tm_map(sms_clean,removeNumbers)
#剔除所有停止词,如a/the等,使用tm包自带的停止词
sms_clean <- tm_map(sms_clean,removeWords,stopwords())
#剔除所有空格
sms_clean <- tm_map(sms_clean,stripWhitespace)
创建符合贝叶斯算法的数据集(文档词条矩阵),矩阵的行表示短信条数,矩阵的列表示单词。
sms_dtm <- DocumentTermMatrix(x = sms_clean)
sms_dtm
该文档词条矩阵包含了8300多列,超过了短信的条数,这将导致算法无法准确分类,为了减少矩阵的列数,我们将剔除同一个单词出现在少于5条短信的单词。这里的5表示总短信条数的0.1%。
#将文档词条矩阵转化为数据框
sms_dtm2 <- as.data.frame(inspect(sms_dtm))
sms_dtm2 <- sms_dtm2[,findFreqTerms(sms_dtm,5)]
dim(sms_dtm2)
[1] 5558 1542
#现在还剩1542列
三、文本探索
在建模之前,我们对文本进行一个初步的探索--词云
#下载并加载wordcloud包
if(!suppressWarnings(require('wordcloud'))){
install.packages('wordcloud')
require('wordcloud')
}
#绘制文字云
par(bg='black')
wordcloud(words = sms_clean, min.freq = 50, scale = c(2.5,0.5),colors=rainbow(10))
四、建模
由于文档词条矩阵中的数值表示某个单词出现在一条短信中的次数,所以需要将连续数值离散化,这里将大于等于1的值用YES表示,否则用NO表示。
#构建离散化的自定义函数
numtochar <- function(x){
ifelse(x >= 1, 'YES', 'NO')
}
#将自定义函数应用到数据框中的每一列
sms_dtm2 <- sapply(sms_dtm2, numtochar)
#创建训练集和测试集
set.seed(1234)
index <- sample(1:2, size = nrow(sms_rawdata), replace = TRUE, prob = c(0.7,0.3))
train_data <- sms_dtm2[index == 1,]
train_Y <- sms_rawdata[index == 1, 1]
test_data <- sms_dtm2[index == 2,]
test_Y <- sms_rawdata[index == 2, 1]
五、函数简介
接下来使用klaR包中的NaiveBayes()函数实现贝叶斯分类算法,NaiveBayes()函数的语法和参数如下:
NaiveBayes(formula, data, ..., subset, na.action = na.pass)
NaiveBayes(x, grouping, prior, usekernel = FALSE, fL = 0, ...)
formula指定参与模型计算的变量,以公式形式给出,类似于y=x1+x2+x3;
data用于指定需要分析的数据对象;
na.action指定缺失值的处理方法,默认情况下不将缺失值纳入模型计算,也不会发生报错信息,当设为“na.omit”时则会删除含有缺失值的样本;
x指定需要处理的数据,可以是数据框形式,也可以是矩阵形式;
grouping为每个观测样本指定所属类别;
prior可为各个类别指定先验概率,默认情况下用各个类别的样本比例作为先验概率;
usekernel指定密度估计的方法(在无法判断数据的分布时,采用密度密度估计方法),默认情况下使用标准的密度估计,设为TRUE时,则使用核密度估计方法;
fL指定是否进行拉普拉斯修正,默认情况下不对数据进行修正,当数据量较小时,可以设置该参数为1,即进行拉普拉斯修正。
#下载并加载klaR包
if(!suppressWarnings(require('klaR'))){
install.packages('klaR')
require('klaR')
}
#使用训练集建模
model <- NaiveBayes(x = train_data, grouping = train_Y, fL = 1)
#使用测试集对模型的准确性进行鉴定
pre <- predict(model, newdata = test_data)
Freq <- table(pre$class, test_Y)
Freq
accuracy <- sum(diag(Freq))/sum(Freq)
accuracy
本文不足之处主要是没能够使用中文短信作为案例,如果条件允许,能够搜集到大量的中文短信或邮件,我还是想再走一遍流程。关于中文文本的分析,会多一个分词的步骤,其余基本上和英文文本分析步骤一致。
下载链接
文中的数据和脚本可到如下链接中下载:
http://yunpan.cn/c3EbuNdFzsvN4 访问密码 6c39
总结:文章使用到的R包和函数
read.csv()
table()
prop.table()
sapply()
tm包
Corpus()
tm_map()
DocumentTermMatrix()
inspect()
findFreqTerms()
wordcloud包
wordcloud()
klaR包
NaiveBayes()
predict()