使用Cytoscape画PPI网络图

打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件

File ----> Import ----> Network from File

会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:

选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。

点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点

使用NetworkAnalyzer分析调整网络图

Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network

弹出如下跳选框

选择Treat the network as undirected,点击ok

最终生成下图网络

 

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