用anaconda安装生信工具教程

本贴出自徐州更老师的《生信必修课之软件安装》https://ke.qq.com/course/310838。仅做学习交流，不做商业用途，侵删。

1. 打开终端
2. 转到src文件夹下

cd ~/src

3. 打开清华大学开源镜像网站 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn -> 获取下载链接
   
   
   
   
   
   
   右键复制链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.11-MacOSX-x86_64.sh
   注：miniconda就可以满足我们的需求，anaconda略大
4. 在终端中输入

wget -m https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.0-Linux-x86.sh

此时可能会出现报错：Miniconda3-4.5.11-MacOSX-x86_64.sh: Permission denied
因为src需要更高的管理权限，如何解决呢？

sudo chmod -R 777 ～/src

777是最高管理权限了。

5. 安装下载的sh文件

bash Miniconda3-4.5.11-MacOSX-x86_64.sh

6. 激活环境

source ~/miniconda3/bin/activate

7. 还需要安装的仓库镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

安完后，通过vim ~/.condarc来查看有哪些仓库镜像

7. 根据jimmy老师的帖子，常用的工具有：macs2, bwa, samtools, fastqc, htseq, sratools
   使用

conda search macs2

来查看该包是否存在，以及版本情况。
如果需要依赖python2，则需要在python2的环境下进行安装，否则会将3强制降级成2

conda create -n python2 python=2
conda activate python2

若想离开，则

source deactivate

安装：

conda install macs2