怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）

怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）

示例数据

1. 载入SNPassoc包

我们要用里面的函数进行计算。

library(SNPassoc)

2. 载入数据

data(SNPs)

查看SNPs的数据

SNPs[1:10,1:9]

id	casco	sex	blood.pre	protein	snp10001	snp10002	snp10003	snp10004
1	1	Female	13.7	75640.52	TT	CC	GG	GG
2	1	Female	12.7	28688.22	TT	AC	GG	GG
3	1	Female	12.9	17279.59	TT	CC	GG	GG
4	1	Male	14.6	27253.99	CT	CC	GG	GG
5	1	Female	13.4	38066.57	TT	AC	GG	GG
6	1	Female	11.3	9872.46	TT	CC	GG	GG
7	1	Female	11.9	11132.90	TT	AC	GG	GG
8	1	Male	12.4	29973.43	TT	AC	GG	GG
9	1	Male	14.5	31114.29	CT	CC	GG	GG
10	1	Female	12.2	41768.55	TT	AC	GG	GG

3. 如果我们想对SNP10001进行哈温检验

使用SNPassoc的summary函数, 会返回该SNP的汇总信息，里面包括哈温检验。

mysnp <- snp(SNPs$snp10001,sep="")

summary(mysnp)

Genotypes: 
    frequency percentage
T/T        92  58.598726
C/T        53  33.757962
C/C        12   7.643312

Alleles: 
  frequency percentage
T       237   75.47771
C        77   24.52229

HWE (p value): 0.2816392 

可以看到，snp10001，T的频率是0.754，C的频率是0.245. 该位点的哈温平衡测试p值为0.28，说明该位点符合哈温平衡。

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